Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
USP4Q13107 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP4Q13107 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP4Q13107 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP4Q13107 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP4Q13107 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
USP4Q13107 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP4Q13107 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP4Q13107 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP4Q13107 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP4Q13107 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP4Q13107 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP4Q13107 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP4Q13107 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP4Q13107 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP4Q13107 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP4Q13107 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP4Q13107 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP4Q13107 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP4Q13107 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP4Q13107 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP4Q13107 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP4Q13107 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP4Q13107 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP4Q13107 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP4Q13107 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP4Q13107 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP4Q13107 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP4Q13107 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
USP4Q13107 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP4Q13107 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP4Q13107 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP4Q13107 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP4Q13107 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
USP4Q13107 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP4Q13107 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP4Q13107 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP4Q13107 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP4Q13107 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP4Q13107 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP4Q13107 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP4Q13107 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP4Q13107 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP4Q13107 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
USP4Q13107 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
USP4Q13107 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP4Q13107 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP4Q13107 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP4Q13107 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP4Q13107 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP4Q13107 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP4Q13107 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP4Q13107 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP4Q13107 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP4Q13107 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP4Q13107 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP4Q13107 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP4Q13107 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP4Q13107 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
USP4Q13107 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP4Q13107 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP4Q13107 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP4Q13107 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP4Q13107 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP4Q13107 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP4Q13107 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP4Q13107 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP4Q13107 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP4Q13107 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP4Q13107 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP4Q13107 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP4Q13107 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP4Q13107 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP4Q13107 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP4Q13107 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP4Q13107 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP4Q13107 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP4Q13107 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP4Q13107 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
USP4Q13107 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
USP4Q13107 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
USP4Q13107 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP4Q13107 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP4Q13107 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP4Q13107 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP4Q13107 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP4Q13107 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP4Q13107 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP4Q13107 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP4Q13107 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP4Q13107 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP4Q13107 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP4Q13107 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP4Q13107 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP4Q13107 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP4Q13107 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP4Q13107 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP4Q13107 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
USP4Q13107 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP4Q13107 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
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