Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 FYN-205ENST00000368682 3234 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SLCO5A1-203ENST00000524945 3725 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CNKSR2-203ENST00000425654 5668 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 GAD2-203ENST00000376261 5858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ZNF815P-201ENST00000421890 1352 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AP002414.2-201ENST00000591780 3365 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 KCNG3-202ENST00000394973 3656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC14.58□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 FKBP5-203ENST00000539068 3827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 HGNC:18790-203ENST00000433139 2254 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 TGFB1I1-201ENST00000361773 1773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 KCP-206ENST00000613019 4853 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 WDR54-201ENST00000348227 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 FAM24B-202ENST00000368898 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PPIE-203ENST00000372830 1198 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 IFITM5-201ENST00000382614 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 SEPT12-202ENST00000396693 1156 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CYP46A4P-201ENST00000414953 267 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 BANF1-202ENST00000445560 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PRSS30P-202ENST00000475030 752 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC026434.2-201ENST00000506094 1078 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC005740.2-201ENST00000511085 419 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC097103.2-206ENST00000514729 588 ntTSL 4 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 TNNT1-203ENST00000536926 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC005865.1-202ENST00000543036 641 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 FOS-206ENST00000555347 1280 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC126696.1-201ENST00000561567 756 ntTSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 KLK3-207ENST00000595952 969 ntTSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 C17orf50-202ENST00000604830 477 ntTSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC138627.1-207ENST00000641560 1006 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 RET-201ENST00000340058 4149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 SLC35C1-201ENST00000314134 4171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 HGNC:24955-201ENST00000303177 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 EPS15L1-207ENST00000594975 2489 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 C3orf62-201ENST00000343010 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC138035.3-201ENST00000622706 2791 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 FKBP4P6-201ENST00000457486 1332 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 GSPT2-201ENST00000340438 2802 ntAPPRIS P1 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 RAPH1-202ENST00000319170 9808 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 BTBD10-208ENST00000528120 1662 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 C7orf33-201ENST00000307003 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 COL9A1-204ENST00000370496 1372 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 GPSM2-202ENST00000406462 7433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 FAM8A1-201ENST00000259963 4677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CYP4F22-202ENST00000601005 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 SH2B1-201ENST00000322610 3095 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 DNAJC19-201ENST00000382564 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 GNAI2-207ENST00000451956 1486 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PRKY-203ENST00000528056 7218 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 FBXO42-201ENST00000375592 6202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PGA5-201ENST00000312403 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 GPR83-201ENST00000243673 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ASAH1-249ENST00000637528 2215 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 SYT3-201ENST00000338916 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 DDX17-202ENST00000396821 4791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CALCA-201ENST00000331587 843 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PSME1-202ENST00000382708 1136 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AL021707.3-201ENST00000418803 527 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC016825.1-201ENST00000433600 778 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AGTRAP-212ENST00000510878 849 ntTSL 3 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 IFITM3-202ENST00000526811 543 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.7 ms