Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PTGER4P3-201ENST00000458150 252 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 AC090001.1-201ENST00000553194 467 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 TMEM202-AS1-201ENST00000562573 723 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 STOML1-206ENST00000561656 1833 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 GOT2-202ENST00000434819 1615 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 ARMC8-213ENST00000470821 1656 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 STAG3L2-201ENST00000426587 2130 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 XPNPEP2-201ENST00000371105 912 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 MIR566-201ENST00000385187 94 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 AC005740.1-201ENST00000515639 522 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 ABHD17AP9-201ENST00000561925 548 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 PPCDC-206ENST00000564923 757 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 AC018761.2-201ENST00000585496 296 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 MSI2-202ENST00000322684 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CUX1P39880 KRT8P18-201ENST00000413425 1445 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 C12orf65-204ENST00000429587 1326 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 MKS1-202ENST00000393119 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 AKR1C2-202ENST00000421196 1481 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 ORC6-201ENST00000219097 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 CD300LG-203ENST00000377203 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 WASIR1-201ENST00000399966 1054 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 RAD51C-203ENST00000421782 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 DARS-AS1-204ENST00000444406 442 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 AL355537.2-201ENST00000453367 375 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 TRBC2-201ENST00000466254 758 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 RN7SL582P-201ENST00000491078 279 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 CHCHD2P2-201ENST00000503744 321 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 NUDCD2-202ENST00000517501 448 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 KRT18P37-201ENST00000520711 1282 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 FOXN3-AS2-201ENST00000554071 1262 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 MAX-218ENST00000557746 571 ntTSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 CYP4F36P-201ENST00000589193 186 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 BLACE-202ENST00000616210 540 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 AQP7-213ENST00000624075 1270 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 ZSCAN5A-206ENST00000587492 1542 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 THY1-206ENST00000528522 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 FAM103A1-201ENST00000304191 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 PSTPIP1-207ENST00000559295 1349 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CUX1P39880 AC010255.3-203ENST00000509403 1727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 MSANTD2P1-201ENST00000445341 1368 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 CCT8L1P-201ENST00000465400 1674 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 TNFSF11-201ENST00000239849 911 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 HIST1H2AE-201ENST00000303910 509 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 RBM4-203ENST00000398692 921 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 KCNE1-203ENST00000399286 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 RBM4-207ENST00000506523 654 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 AC087269.1-202ENST00000519147 400 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 ANKMY1-210ENST00000406958 2396 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 ODCP-201ENST00000459650 1639 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CUX1P39880 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 DIO1-203ENST00000388876 606 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 RANGRF-202ENST00000407006 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 AL451105.2-201ENST00000413763 1234 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 AC006329.1-201ENST00000419422 705 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 SIX3-AS1-202ENST00000456467 557 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 DIO1-204ENST00000524406 626 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 DIO1-213ENST00000532493 406 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 SORD2P-201ENST00000558556 1069 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 AL139339.2-201ENST00000608063 657 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 AC104506.1-201ENST00000609247 429 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 HYOU1-218ENST00000614668 1569 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 AC091769.1-201ENST00000619576 568 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 MIR6746-201ENST00000620971 63 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 AC138035.3-201ENST00000622706 2791 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 ASIC4-201ENST00000347842 2684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 ATG5-201ENST00000343245 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CUX1P39880 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms