Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SLC43A2-204ENST00000571650 3261 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 GEMIN7-201ENST00000270257 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SLURP2-201ENST00000317543 599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC010745.3-201ENST00000439745 415 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SERPINA13P-202ENST00000478994 924 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CENPBD1P1-203ENST00000479047 569 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC044849.1-201ENST00000519737 1188 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 NDUFC1-210ENST00000539387 725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 C14orf178-204ENST00000557011 474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC025810.1-201ENST00000569986 981 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC110285.1-205ENST00000572301 559 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC110285.3-201ENST00000574472 665 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 STPG3-204ENST00000611378 1015 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC138649.2-201ENST00000615886 705 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC138466.3-201ENST00000619983 221 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PLXNB1-204ENST00000456774 5859 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ESRRB-207ENST00000556177 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 UBE3A-204ENST00000438097 8939 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ATP8B3-201ENST00000310127 5095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TMEM189-202ENST00000371652 7714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SLC30A5-209ENST00000621204 3999 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 GPSM3-207ENST00000375043 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TK1-201ENST00000301634 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 HYAL2-201ENST00000357750 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC126365.1-201ENST00000578585 1514 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SEZ6-203ENST00000360295 4306 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SMARCA2-208ENST00000382194 5679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 HYAL2-208ENST00000447092 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC138969.2-201ENST00000532739 9932 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AKIP1-201ENST00000299576 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SPHK2-202ENST00000340932 2492 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 LAMTOR4-201ENST00000341942 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 KNCN-202ENST00000396314 608 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 C2orf15-202ENST00000409684 1058 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 HLA-K-203ENST00000430151 1046 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 NKAIN1P1-201ENST00000435754 582 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CHMP1AP1-201ENST00000445563 662 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 CAP2-206ENST00000489374 1430 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 YIF1A-210ENST00000496746 667 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PARP8-218ENST00000513738 596 ntTSL 4 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC005730.2-201ENST00000564549 1184 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC004466.1-201ENST00000599515 1080 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 LINC00854-216ENST00000636331 718 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PPFIA3-203ENST00000602351 4341 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 RPP14-202ENST00000445193 7985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0E2-AS1-201ENST00000461019 2973 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PURA-201ENST00000331327 11497 ntAPPRIS P1 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 DCBLD1-202ENST00000338728 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 YTHDF3-205ENST00000539294 5163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 B3GAT2-201ENST00000230053 6565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 HSPA4L-204ENST00000508776 3020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 KIAA1755-206ENST00000496900 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AC023024.1-201ENST00000558838 2590 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TMEM63C-201ENST00000298351 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 NFATC3-203ENST00000349223 6328 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PLIN4-201ENST00000301286 6353 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 RPA3-201ENST00000223129 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 PITPNM1-216ENST00000534749 4189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 EIF4G1-201ENST00000342981 5667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SST-201ENST00000287641 618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC3Q9BQI4 SMS-201ENST00000379404 1174 ntTSL 3 BASIC14.61□□□□□ -0.07
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