Protein–RNA interactions for Protein: Q96AY4

TTC28, Tetratricopeptide repeat protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 2,481 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TTC28Q96AY4 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 CSRP1-201ENST00000340006 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 GPR45-201ENST00000258456 1307 ntAPPRIS P1 BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 CELF4-217ENST00000591282 1461 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 AL121753.2-201ENST00000624581 1461 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 PCBP2-215ENST00000549863 1619 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 PRRG1-203ENST00000463135 1663 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 CBX7-201ENST00000216133 4081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 DERL3-202ENST00000318109 860 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 Metazoa_SRP.6-201ENST00000366384 298 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 CIDEC-204ENST00000430427 877 ntTSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 AC004910.1-201ENST00000433493 787 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 TTTY18-201ENST00000438677 221 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 RBM14-205ENST00000443702 732 ntTSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 CACNA1C-IT3-201ENST00000542680 622 ntTSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 AL121790.2-202ENST00000556024 363 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 AC129507.4-201ENST00000570501 411 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 AC241585.2-202ENST00000621798 1015 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 RHD-202ENST00000342055 1557 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 HGNC:18790-202ENST00000421177 4172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 LINC00528-201ENST00000600723 2160 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 OPRM1-201ENST00000229768 1465 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 OPRM1-207ENST00000428397 1481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 RSPH6A-203ENST00000600188 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 CCDC43-203ENST00000588210 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 LINC00963-203ENST00000423918 1654 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 MSRA-201ENST00000317173 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 ZNF7-202ENST00000446747 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 LEMD1-205ENST00000367154 786 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 GSTT2-201ENST00000402588 937 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 TPT1P9-201ENST00000413759 514 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 AL137244.1-201ENST00000422931 865 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 RPSAP12-201ENST00000435879 888 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 C11orf97-201ENST00000542198 701 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 AC009163.3-201ENST00000563554 852 ntTSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 URAHP-205ENST00000610227 398 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 BX088702.1-201ENST00000610784 235 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 KRTAP10-4-202ENST00000616689 597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 UCN2-201ENST00000273610 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 PKLR-202ENST00000392414 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 C21orf33-202ENST00000348499 1506 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 HTD2-205ENST00000477305 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 MSANTD2P1-201ENST00000445341 1368 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 RUBCNL-212ENST00000631139 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 VAC14-AS1-201ENST00000398177 2145 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 G6PD-201ENST00000369620 1799 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 APOBEC3A-201ENST00000249116 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 OLFML2B-202ENST00000367938 1153 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 AC005722.1-201ENST00000431878 964 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 PTPA-215ENST00000432124 567 ntTSL 4 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 AC005042.2-201ENST00000449526 510 ntTSL 4 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 AC139887.2-201ENST00000503571 531 ntTSL 4 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 SPRY4-AS1-206ENST00000515288 539 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 AP000911.1-202ENST00000532706 543 ntTSL 4 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 TYMSP2-201ENST00000589501 424 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 AC007193.3-201ENST00000598616 188 ntTSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 AC016586.1-201ENST00000600056 684 ntTSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 Metazoa_SRP.128-201ENST00000620543 314 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 ARL1-202ENST00000536227 1322 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 DLEU2-201ENST00000235290 1739 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 MIF4GD-201ENST00000245551 1358 ntTSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
TTC28Q96AY4 RGS6-217ENST00000555571 1764 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.8 ms