Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 MC5R-201ENST00000324750 1319 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 B3GALNT1-203ENST00000392781 3606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 Metazoa_SRP.6-201ENST00000366384 298 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AL391839.2-201ENST00000412085 383 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SOD2-205ENST00000444946 917 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC108462.1-201ENST00000457467 850 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 GNAI2-201ENST00000266027 2169 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ZNF576-202ENST00000391965 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 RPL13-204ENST00000452368 1455 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 CPSF7-202ENST00000394888 3650 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 NIPA1-207ENST00000561183 1675 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 RPF1-201ENST00000370654 1385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 GOLGA8R-201ENST00000327271 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 NNMT-203ENST00000535401 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 COX8A-201ENST00000314133 507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 MYMK-201ENST00000339996 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 NUDT2-201ENST00000346365 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 NUDT2-202ENST00000379155 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 LINC01983-201ENST00000413586 574 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AL928742.1-201ENST00000497397 548 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC095040.1-201ENST00000513286 675 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 EVX1-AS-203ENST00000519218 554 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC136601.1-201ENST00000521803 666 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 MT1G-203ENST00000568675 628 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC092073.1-202ENST00000606020 653 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 NUDT2-204ENST00000618590 825 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 KCTD6-205ENST00000490264 1759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 CXCL12-201ENST00000343575 1857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 TCL1A-203ENST00000554012 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 CD68-202ENST00000380498 1771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 BTNL8-203ENST00000400707 1512 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 USP17L2-201ENST00000333796 1910 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 TNNT1-202ENST00000356783 934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AL451069.3-201ENST00000450206 1013 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PSMG2-201ENST00000317615 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 MRM2-201ENST00000242257 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 DUS2-201ENST00000358896 1933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 MYRF-203ENST00000389602 2052 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 IRF9-202ENST00000396864 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 TMEM14C-201ENST00000229563 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC114812.1-201ENST00000421868 689 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC128689.1-202ENST00000459861 827 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 WDYHV1-206ENST00000523356 869 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PRKACA-208ENST00000589994 1127 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AP001269.2-201ENST00000590055 379 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SIGLEC22P-201ENST00000599104 714 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 IL1RAP-209ENST00000422940 1957 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 TARBP2-202ENST00000394357 1402 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 C19orf57-201ENST00000346736 2489 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 F10-203ENST00000409306 1450 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 RRM1-214ENST00000534285 2075 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 CLCC1-202ENST00000348264 1124 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ZNF614-202ENST00000356322 1293 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 TMEM95-202ENST00000389982 1191 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC092570.1-201ENST00000414446 469 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 LINC00686-201ENST00000435412 332 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 GSTZ1-210ENST00000554279 795 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 Metazoa_SRP.157-201ENST00000622819 262 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ZNF436-AS1-201ENST00000335648 2547 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 CST9-201ENST00000376971 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 INTS14-204ENST00000442903 1863 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 LONP1-213ENST00000590729 2626 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 F8-201ENST00000330287 2620 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
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