Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 NRG2-209ENST00000541337 3723 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 NFATC4-204ENST00000424781 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 FKBP4P6-201ENST00000457486 1332 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 MIOS-201ENST00000340080 3453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 GINS3-203ENST00000426538 1728 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 DIAPH2-204ENST00000373054 3376 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 DTNB-228ENST00000496972 2328 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 PTPN13-204ENST00000436978 8573 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 SLC25A36-203ENST00000446041 4638 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 CDS2-203ENST00000460006 9298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 TM4SF19-AS1-203ENST00000452051 1829 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 FAM27C-201ENST00000377542 616 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 MCFD2-204ENST00000409207 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 OLR1-203ENST00000432556 950 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 HYAL3-206ENST00000513170 636 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 SNHG9-201ENST00000531523 275 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AL122035.1-201ENST00000556640 550 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AC000032.1-201ENST00000562538 491 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AC073413.1-201ENST00000603927 732 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AC009542.2-202ENST00000619004 1067 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 DPYSL3-201ENST00000343218 5476 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 GALNTL6-205ENST00000511251 2905 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AL359183.1-201ENST00000623796 2132 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 HMBOX1-210ENST00000523613 1730 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 FXYD3-202ENST00000346446 1320 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AL109910.1-201ENST00000452071 1330 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 ITGB2-208ENST00000397857 2813 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 YIPF3-202ENST00000372422 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 KLK5-202ENST00000391809 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 NAA60-229ENST00000575076 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 SMARCA4-214ENST00000589677 5181 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 CRISPLD2-203ENST00000564567 1651 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 ZMIZ2-202ENST00000309315 5144 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 TRPC6-206ENST00000532133 2648 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 WFIKKN2-202ENST00000426127 2193 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 TMEM30B-202ENST00000555868 4471 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 CD79A-201ENST00000221972 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 TSHR-202ENST00000342443 1281 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 ANAPC11-202ENST00000357385 881 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AL136309.1-201ENST00000403917 691 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 RGS5-214ENST00000429865 754 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AL162457.2-202ENST00000442888 679 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 RPL13AP20-201ENST00000459725 609 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AC008808.1-201ENST00000508923 432 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 GSTZ1-219ENST00000557639 873 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 EMC4-203ENST00000557879 1009 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AF111167.2-202ENST00000558267 599 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 EEF1DP1-201ENST00000585891 896 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 GRAP-201ENST00000284154 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 REXO1L6P-201ENST00000603433 1515 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 ACSL1-208ENST00000507295 2490 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 ARHGEF1-204ENST00000378152 2986 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 MAGEA2-209ENST00000623806 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 GRB2-202ENST00000316804 3248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 TAF4B-203ENST00000578121 3204 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms