Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 ATP6V1E1-202ENST00000399796 1208 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 CRYBB3-202ENST00000404334 601 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SLC13A3-205ENST00000417157 876 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 LINC00466-203ENST00000436475 1059 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SHANK2-210ENST00000449116 939 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 PIN4P1-201ENST00000451079 396 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 APOC1P1-201ENST00000507983 630 ntTSL 4 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 AL356756.1-201ENST00000550941 551 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 AL049833.2-202ENST00000556773 626 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 AC040162.4-201ENST00000574912 1185 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SIGLEC18P-201ENST00000602271 909 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 RANBP1-208ENST00000430524 1389 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SLC18A1-207ENST00000519026 1980 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 RFK-201ENST00000376736 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 KRT18P9-201ENST00000604826 1300 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 AC126365.1-201ENST00000578585 1514 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 DEPDC7-201ENST00000241051 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 RNA5SP359-201ENST00000364838 113 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 PPDPF-202ENST00000370179 868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 AC012362.1-201ENST00000434906 739 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 RPSAP15-201ENST00000448168 861 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 GLYCTK-204ENST00000471180 992 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 LINC02380-201ENST00000510956 1038 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 PLEKHA8P1-203ENST00000545609 277 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 AC093752.3-201ENST00000567343 901 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 AP005901.3-201ENST00000581666 415 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 MIR4522-201ENST00000584932 87 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SPRY1-207ENST00000610581 2608 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 LINC00513-201ENST00000447430 1616 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 MAP2K6-205ENST00000589647 1512 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 UBA6-202ENST00000420827 1664 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 PIGL-201ENST00000225609 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 KRTAP19-5-201ENST00000334151 461 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 TNNT2-202ENST00000360372 969 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 TNNT2-204ENST00000367317 1050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 NPPC-202ENST00000409852 1051 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 AL118508.1-202ENST00000411595 709 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 TNNT2-209ENST00000421663 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 RHBDD2-203ENST00000428119 1274 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 AL365295.1-203ENST00000435322 566 ntTSL 4 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SOX9-AS1-207ENST00000446332 443 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 DUTP3-201ENST00000450025 415 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SNHG14-206ENST00000450809 677 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 PPOX-204ENST00000462866 473 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 MYLK-AS1-202ENST00000470449 760 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 ZNF124-206ENST00000543802 1292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 AC011472.1-201ENST00000588634 569 ntTSL 4 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 PRSS45-202ENST00000620911 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 KRTAP10-4-203ENST00000622352 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 RECQL5-202ENST00000340830 1749 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 UNC5D-203ENST00000416672 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 ZMYND15-201ENST00000269289 2448 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 IL1RAP-209ENST00000422940 1957 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 SERPINF1-201ENST00000254722 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 RHOH-218ENST00000613272 1865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 KCTD1-207ENST00000580059 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 IDH3B-212ENST00000613370 1400 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 XKR9-203ENST00000520030 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 PAX5-214ENST00000523241 1342 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 GPANK1-203ENST00000375896 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 ELOVL1-201ENST00000372458 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CCDC87Q9NVE4 RSPO1-202ENST00000401068 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms