Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 PCBP2-202ENST00000359462 1814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 AL391244.1-206ENST00000447725 1843 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 ARHGEF3-212ENST00000495373 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 MAP3K1-201ENST00000399503 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 PCDHA3-202ENST00000532566 4594 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 CCDC183-AS1-201ENST00000414656 2386 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 LY9-204ENST00000368039 1364 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 OR2I1P-209ENST00000641730 5365 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 FADS1-201ENST00000350997 4525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 ANKRD35-201ENST00000355594 3342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 SCYL1-208ENST00000527009 2586 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 TOB2-201ENST00000327492 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 AC009053.1-204ENST00000429810 2355 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 ATP6V1F-201ENST00000249289 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 NDUFC1-201ENST00000394223 598 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 AL512384.1-201ENST00000406683 331 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 HCST-202ENST00000437550 445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 AC007389.4-201ENST00000454674 793 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 AC004466.1-201ENST00000599515 1080 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 AL358472.5-202ENST00000641448 1267 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 ABCB8-212ENST00000477719 1625 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 RABL2A-206ENST00000409842 1979 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 ZNF777-201ENST00000247930 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 GOPC-203ENST00000535237 4460 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 CU639417.3-201ENST00000624240 1404 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 AIFM1-209ENST00000535724 2468 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 PTBP1-201ENST00000349038 3155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 SEMA5B-206ENST00000451055 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 MAGED4B-207ENST00000485287 2618 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 ALDOA-228ENST00000627059 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 ZCCHC17-202ENST00000373714 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 EFHC1-212ENST00000635984 3293 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 SH3PXD2B-203ENST00000519643 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 PATZ1-202ENST00000266269 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 ARHGAP4-202ENST00000370016 3095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 USP43-202ENST00000570475 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 YWHAE-208ENST00000571732 1818 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 SNRNP27-202ENST00000409116 1339 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 BTBD11-204ENST00000420571 3478 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 NDOR1-202ENST00000371521 2497 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 EGOT-201ENST00000414938 1464 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 SNX2-201ENST00000379516 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 F2RL1-201ENST00000296677 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 AC123912.2-201ENST00000594927 2409 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 E2F6-202ENST00000381525 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 TGOLN2-203ENST00000398263 6138 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 NANOS1-202ENST00000425699 4017 ntAPPRIS P2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 MOCS1-201ENST00000340692 2747 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 WDR25-204ENST00000554175 2055 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 UEVLD-201ENST00000300038 995 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 APOA1-204ENST00000375323 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 AC128709.1-201ENST00000445908 600 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 AC106760.1-201ENST00000508690 800 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 MRNIP-212ENST00000520698 902 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 AIPL1-204ENST00000570466 1196 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 AC145423.3-201ENST00000615987 467 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 SGCZ-201ENST00000382080 2234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 COCH-202ENST00000396618 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 FAM122A-201ENST00000394264 4575 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 PRKRIP1-201ENST00000397912 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 WBP4-201ENST00000379487 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 ENAH-203ENST00000366843 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 PVR-203ENST00000403059 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 PIK3R1-211ENST00000521381 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 ERO1B-202ENST00000354619 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 IGFBP5-201ENST00000233813 6215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 LINC00552-201ENST00000625151 2579 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HDAC4P56524 RAI14-202ENST00000428746 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.9 ms