Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CUX1P39880 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CUX1P39880 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CUX1P39880 RARS2-201ENST00000369536 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CUX1P39880 FAM3B-201ENST00000357985 1088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CUX1P39880 LY86-202ENST00000379953 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CUX1P39880 NSD2-209ENST00000436793 835 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CUX1P39880 AL355803.1-201ENST00000455524 188 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CUX1P39880 DMKN-229ENST00000467637 827 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ZSCAN2-208ENST00000485222 910 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ZSCAN2-210ENST00000538076 1109 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ANAPC15-217ENST00000545944 704 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ATP2A1-AS1-201ENST00000561547 558 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CUX1P39880 AC068025.1-201ENST00000577218 762 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CUX1P39880 UXT-AS1-202ENST00000591832 565 ntTSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ANXA8L1-206ENST00000619162 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CUX1P39880 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CUX1P39880 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CUX1P39880 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CUX1P39880 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 POLR1E-202ENST00000377798 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 RASGEF1A-204ENST00000395810 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ZMYND15-204ENST00000573751 2409 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 C7orf72-201ENST00000297001 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 GABRB2-205ENST00000517901 1779 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 IGLC1-201ENST00000390321 460 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 FTCDNL1-203ENST00000420922 772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 FAHD2CP-203ENST00000467292 965 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 MUTYH-231ENST00000488731 740 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 AC004889.1-205ENST00000493248 531 ntTSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 OR2A1-AS1-210ENST00000496968 531 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 LINC01485-202ENST00000520324 566 ntTSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 AC011451.3-201ENST00000634951 582 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 AC027559.1-203ENST00000635726 517 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 FXYD3-208ENST00000604404 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ZNF576-202ENST00000391965 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 PORCN-201ENST00000326194 1755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ZBTB17-216ENST00000537142 2511 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CUX1P39880 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 CCT4-201ENST00000394440 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 EMP1-203ENST00000431267 1039 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 AC098934.1-203ENST00000442868 1262 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 AC012158.2-201ENST00000536546 354 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 AC099811.3-201ENST00000586351 425 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 AC023421.2-201ENST00000589510 313 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 MIA-206ENST00000597784 455 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 TOM1L2-205ENST00000478943 2098 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 LINC002481-201ENST00000499502 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ZNF384-202ENST00000355772 2514 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ZIM2-AS1-201ENST00000595954 2129 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ZCCHC17-201ENST00000344147 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 FGD4-203ENST00000472289 1629 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 KRTAP2-2-201ENST00000398477 733 ntAPPRIS P2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 KRT18P46-201ENST00000435568 1279 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 AGPAT5P1-201ENST00000455855 1019 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 AP003068.3-201ENST00000527789 175 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 GSTZ1-210ENST00000554279 795 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 AC055811.3-201ENST00000584952 686 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ZNF677-204ENST00000594681 935 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 FXYD3-204ENST00000603181 758 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 AL591471.1-201ENST00000621855 229 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 AL121956.4-201ENST00000629925 581 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 SLC38A6-201ENST00000267488 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 TXNDC5-204ENST00000473453 1301 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 ARMCX1-201ENST00000372829 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 TIRAP-203ENST00000392680 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 AL591122.2-201ENST00000624125 1853 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CUX1P39880 IQCJ-201ENST00000397832 1460 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83.1 ms