Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 IPO8-201ENST00000256079 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SMARCA2-208ENST00000382194 5679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 IRF2BP2-201ENST00000366609 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ANK1-205ENST00000347528 8237 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 APPL1-201ENST00000288266 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MROH4P-201ENST00000431302 1578 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 KCTD15-201ENST00000284006 4918 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ANKRD11-203ENST00000378330 9132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MCHR2-202ENST00000369212 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AHCYP2-201ENST00000430630 1300 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ZSCAN30-212ENST00000639929 1305 ntTSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CAPN7-201ENST00000253693 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ST7L-207ENST00000369669 1743 ntTSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 KCTD1-203ENST00000417602 1705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PARD6G-201ENST00000353265 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PBX3-204ENST00000373489 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 POLD4-201ENST00000312419 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 C1orf43-205ENST00000368519 1163 ntTSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 GABARAPL2-201ENST00000037243 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AGER-203ENST00000375065 665 ntTSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MTHFSD-202ENST00000381214 1210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 HLA-K-203ENST00000430151 1046 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC007969.1-201ENST00000433675 447 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL731661.1-201ENST00000438217 758 ntTSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL049698.1-202ENST00000441716 757 ntTSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SIRPB2-203ENST00000444444 884 ntTSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ZNF527-203ENST00000483919 1142 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SLC45A2-204ENST00000509381 1040 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AKIP1-210ENST00000534147 1022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 C1RL-212ENST00000545337 813 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 DIO3OS-203ENST00000554441 1068 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL355102.5-201ENST00000554769 572 ntTSL 4 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 EGLN2-209ENST00000594140 991 ntTSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 FP565260.5-201ENST00000623188 479 ntTSL 3 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MAP2K3-202ENST00000342679 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RIPK1-201ENST00000259808 4160 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 STXBP6-201ENST00000323944 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SULT2B1-202ENST00000323090 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ASPH-202ENST00000379449 1603 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AGPAT3-205ENST00000398063 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 BMP1-203ENST00000354870 3989 ntTSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TBC1D1-219ENST00000615497 2383 ntTSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PURA-201ENST00000331327 11497 ntAPPRIS P1 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AFF3-203ENST00000409579 4342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 NPHP3-ACAD11-201ENST00000471702 7784 ntTSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CADPS2-205ENST00000449022 4073 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 POP4-201ENST00000221770 2321 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 OGFOD2-202ENST00000397389 2308 ntTSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 FES-204ENST00000414248 2327 ntTSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AP000845.1-201ENST00000581677 2131 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RALYL-207ENST00000521695 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CCNY-201ENST00000265375 4768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TEX28-203ENST00000617225 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 YPEL1-201ENST00000339468 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL138709.1-201ENST00000614840 1693 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PLIN1-201ENST00000300055 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms