Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 IGLC7-201ENST00000390331 441 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AL139094.1-201ENST00000405549 1188 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TISP43-201ENST00000409793 538 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AL162457.2-202ENST00000442888 679 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 USE1-202ENST00000445667 795 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AL133466.1-201ENST00000447582 150 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ZNF789-204ENST00000448667 1055 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 KLK3-207ENST00000595952 969 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SCN1B-204ENST00000596348 1176 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 LINC01278-203ENST00000608788 820 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 LINC01278-207ENST00000610234 555 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CU633904.3-201ENST00000624042 1029 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AL137026.1-201ENST00000624407 503 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 WDR45-230ENST00000634559 1192 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MBOAT2-201ENST00000305997 7751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 PHLDA1-201ENST00000266671 8069 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TRPC6-206ENST00000532133 2648 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC006486.2-201ENST00000624246 2199 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 DCTN1-203ENST00000409240 4365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MRI1-202ENST00000319545 3027 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 FAM210A-202ENST00000402563 4240 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SLC18A1-207ENST00000519026 1980 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 RCC2-202ENST00000375436 4087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 DOK5-202ENST00000395939 1453 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 HSD17B6-201ENST00000322165 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TMEM210-201ENST00000413619 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AL021707.3-201ENST00000418803 527 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AL008707.1-201ENST00000422498 534 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 IQCF3-203ENST00000444293 450 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC128709.1-201ENST00000445908 600 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 BX324167.1-201ENST00000451118 805 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC004522.2-201ENST00000456499 680 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC129492.3-201ENST00000498285 460 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SPAG5-AS1-203ENST00000554154 491 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TSPO-206ENST00000583777 636 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 LGALS9C-215ENST00000584941 1104 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 LINC00854-216ENST00000636331 718 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 EDDM13-208ENST00000637802 854 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SSFA2-205ENST00000431877 5150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 HMBS-216ENST00000543090 1347 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 INO80-201ENST00000361937 6439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 PXN-201ENST00000228307 3785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC15.33■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC021683.3-202ENST00000592572 4440 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 PAX4-201ENST00000338516 1085 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 TMEM254-204ENST00000372277 366 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 PFN2-205ENST00000461868 613 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 SERPINA13P-202ENST00000478994 924 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 AC245884.6-201ENST00000515672 1067 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 CCNB2-203ENST00000559622 1064 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 PPY2P-201ENST00000582808 702 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 PPY2P-202ENST00000583761 657 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 KLK11-210ENST00000600362 759 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 C17orf50-202ENST00000604830 477 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 LINC00595-217ENST00000635545 549 ntTSL 4 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 SLC39A14-201ENST00000240095 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 KRT8-205ENST00000546897 1755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 RABL2B-204ENST00000395593 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 DIP2A-201ENST00000400274 7023 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USP39Q53GS9 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms