Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 F11R-204ENST00000537746 1245 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC130456.3-201ENST00000561762 633 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 IGHV3OR16-12-201ENST00000570121 353 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 TNFRSF12A-204ENST00000573001 648 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ADGRA1-AS1-201ENST00000366099 3236 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 COLEC11-203ENST00000382062 1633 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 OPRM1-201ENST00000229768 1465 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 OPRM1-207ENST00000428397 1481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 SUMO4-201ENST00000326669 1066 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 TRBV4-1-201ENST00000390357 373 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 TRBV4-2-201ENST00000390392 455 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 FAM92A-202ENST00000423990 914 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 SMAD9-IT1-201ENST00000437983 504 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AL355376.1-201ENST00000456082 517 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 LINC02285-201ENST00000557121 943 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 TRMT112P3-201ENST00000580149 358 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 APOC4-202ENST00000592954 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 HHEX-202ENST00000472590 1605 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 KCTD18-202ENST00000409157 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 PAIP2-201ENST00000265192 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 SLC35G3-201ENST00000297307 2004 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 NOP2-222ENST00000617555 2017 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 DLK1-201ENST00000331224 1324 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 NQO2-204ENST00000380454 851 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 OR10N1P-201ENST00000392758 869 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC112721.1-201ENST00000409162 588 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 CELP-201ENST00000411440 1249 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ATXN8OS-202ENST00000424524 1236 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AL583839.1-201ENST00000445280 691 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 DUX4L50-201ENST00000455245 715 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC108724.1-201ENST00000481669 352 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC138409.2-203ENST00000508395 553 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC010186.1-201ENST00000546259 532 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC124068.2-202ENST00000562356 612 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC124068.2-201ENST00000569473 1109 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC020934.2-201ENST00000592400 456 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 LINC02333-201ENST00000603464 852 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ST5-261ENST00000626808 1071 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 RBP1-205ENST00000492918 1487 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ERG-207ENST00000398919 1868 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 MAX-204ENST00000358402 1973 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 COL4A2-AS2-201ENST00000458403 1522 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC098934.1-203ENST00000442868 1262 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 GNG10P1-201ENST00000452289 199 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 RPS18P9-201ENST00000482817 460 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 RBM4-211ENST00000530235 1011 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AP000357.2-201ENST00000633827 597 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 SHANK2-202ENST00000357171 1373 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC008536.3-201ENST00000623282 1599 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 MAPT-213ENST00000571987 2277 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 PGLYRP3-201ENST00000290722 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 PTGER4P2-201ENST00000328411 252 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 SNX3-204ENST00000426155 1072 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC006372.2-201ENST00000433660 292 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 HMGB3-204ENST00000448905 812 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 PTGER4P3-201ENST00000458150 252 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 KRT18P37-201ENST00000520711 1282 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 SELENOW-202ENST00000593892 550 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC233280.19-201ENST00000633223 136 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ATP5A1-201ENST00000282050 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 MPI-203ENST00000535694 1523 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 OPN1SW-201ENST00000249389 1096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 U2AF1L4-201ENST00000292879 729 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AF274858.1-201ENST00000406288 372 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ZNF529-AS1-201ENST00000448373 1004 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 TMEM123-208ENST00000532161 743 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 KRT17P4-206ENST00000584151 719 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 SUOX-202ENST00000356124 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
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