Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 C1QB-201ENST00000314933 1044 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ZNF614-202ENST00000356322 1293 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AL645937.2-201ENST00000396808 931 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 XG-202ENST00000419513 979 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC007041.1-201ENST00000438989 1155 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC083801.1-201ENST00000491689 358 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC090820.1-201ENST00000519722 591 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC015689.1-201ENST00000525365 462 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC124068.2-202ENST00000562356 612 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC136624.2-201ENST00000574883 542 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 NAV1-210ENST00000593583 726 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC005972.3-201ENST00000606304 481 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AP001043.1-206ENST00000613045 730 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ILDR1-202ENST00000344209 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 SLC5A10-202ENST00000395643 1982 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 TMEM198B-201ENST00000471276 1958 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 PLK2-215ENST00000617412 2792 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 HTR4-209ENST00000521530 1323 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ACTL7A-201ENST00000333999 1494 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 USP4-203ENST00000415188 1454 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 SEC14L4-204ENST00000381982 1603 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 HSD17B6-205ENST00000554643 1751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 METTL17-221ENST00000556670 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 TMSB10-201ENST00000233143 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 HIKESHI-201ENST00000278483 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 KRT17P5-201ENST00000332088 839 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 MIR566-201ENST00000385187 94 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 AC026320.2-201ENST00000434379 478 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 DHDDS-217ENST00000526219 1072 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 AC107884.1-203ENST00000530846 628 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 AL513165.2-203ENST00000537239 717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 MIR3180-2-201ENST00000581748 88 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 AC087289.4-201ENST00000587348 230 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 AC005324.6-201ENST00000587972 613 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 HPN-206ENST00000597419 1212 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 OR10B1P-201ENST00000601666 907 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 AL109837.1-201ENST00000603272 613 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 AC025262.2-201ENST00000623975 1056 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 FAM153A-220ENST00000513554 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 LMO3-212ENST00000535535 1488 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 CTNNBL1-209ENST00000621317 1990 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 ALG11-203ENST00000523764 1404 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 C10orf62-201ENST00000370640 1208 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 ZNF226-203ENST00000413984 716 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 CDRT15-201ENST00000420162 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 AZGP1P1-202ENST00000425474 1181 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 CHMP1AP1-201ENST00000445563 662 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 RHOQP2-201ENST00000449922 579 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
COL9A1P20849 QTRT2-209ENST00000479882 1196 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 104.9 ms