Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms