Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
LIMD1Q9UGP4 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms