Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHFRQ96EP1 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHFRQ96EP1 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHFRQ96EP1 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms