Protein–RNA interactions for Protein: Q8TE12

LMX1A, LIM homeobox transcription factor 1-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1AQ8TE12 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LMX1AQ8TE12 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LMX1AQ8TE12 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LMX1AQ8TE12 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LMX1AQ8TE12 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LMX1AQ8TE12 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LMX1AQ8TE12 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms