Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
SHHQ15465 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SHHQ15465 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SHHQ15465 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SHHQ15465 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
SHHQ15465 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SHHQ15465 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SHHQ15465 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SHHQ15465 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SHHQ15465 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SHHQ15465 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SHHQ15465 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SHHQ15465 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SHHQ15465 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
SHHQ15465 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
SHHQ15465 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
SHHQ15465 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHHQ15465 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SHHQ15465 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHHQ15465 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHHQ15465 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SHHQ15465 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHHQ15465 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHHQ15465 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHHQ15465 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHHQ15465 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHHQ15465 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SHHQ15465 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
SHHQ15465 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
SHHQ15465 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
SHHQ15465 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
SHHQ15465 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHHQ15465 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHHQ15465 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHHQ15465 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHHQ15465 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
SHHQ15465 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHHQ15465 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHHQ15465 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHHQ15465 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHHQ15465 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHHQ15465 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SHHQ15465 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHHQ15465 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHHQ15465 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
SHHQ15465 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHHQ15465 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHHQ15465 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
SHHQ15465 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHHQ15465 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHHQ15465 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHHQ15465 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHHQ15465 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHHQ15465 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHHQ15465 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHHQ15465 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHHQ15465 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHHQ15465 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHHQ15465 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
SHHQ15465 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
SHHQ15465 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHHQ15465 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHHQ15465 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHHQ15465 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHHQ15465 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHHQ15465 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHHQ15465 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHHQ15465 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHHQ15465 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHHQ15465 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHHQ15465 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHHQ15465 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHHQ15465 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHHQ15465 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
SHHQ15465 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC25■■□□□ 1.59
SHHQ15465 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHHQ15465 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHHQ15465 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHHQ15465 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SHHQ15465 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHHQ15465 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHHQ15465 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHHQ15465 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHHQ15465 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHHQ15465 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHHQ15465 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
SHHQ15465 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
SHHQ15465 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHHQ15465 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHHQ15465 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHHQ15465 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHHQ15465 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SHHQ15465 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SHHQ15465 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SHHQ15465 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SHHQ15465 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SHHQ15465 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SHHQ15465 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SHHQ15465 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SHHQ15465 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
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