Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 SNX11-210ENST00000582104 1282 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC017033.1-201ENST00000603720 708 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 XKR9-203ENST00000520030 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SPHK2-202ENST00000340932 2492 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TLX1NB-202ENST00000445873 1862 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SHANK2-210ENST00000449116 939 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 WNT5A-205ENST00000497027 1299 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 EMC4-208ENST00000559078 599 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 GOLGA2P7-209ENST00000560408 745 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 RN7SL357P-201ENST00000581065 298 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 NMRK2-202ENST00000593949 869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 NMRK2-204ENST00000599576 691 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CTSD-201ENST00000236671 2123 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 STRA6-205ENST00000432245 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 STRN-202ENST00000379213 2254 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SNRPC-201ENST00000244520 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 MRPL33-201ENST00000296102 518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 LIMS1-201ENST00000332345 1235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 MRPL33-202ENST00000379666 404 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 RPL5P21-201ENST00000404620 815 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ASGR2-203ENST00000446679 879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 RPL18AP8-201ENST00000486071 528 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TRPC7-AS1-201ENST00000514459 460 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 MIR6746-201ENST00000620971 63 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CYP1B1-AS1-221ENST00000627172 995 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC067931.2-201ENST00000623655 2003 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 NOTO-201ENST00000398468 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC022613.1-201ENST00000536835 2530 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC139712.1-201ENST00000378256 1875 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PCED1B-201ENST00000432328 1862 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AL451105.2-201ENST00000413763 1234 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 HLA-DPA2-205ENST00000433582 733 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 FAM86B3P-203ENST00000523992 854 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 OR5BD1P-201ENST00000532527 817 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 C14orf178-204ENST00000557011 474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC023421.2-201ENST00000589510 313 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AL078590.3-205ENST00000606039 465 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC011462.4-201ENST00000616866 449 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 LINC00969-294ENST00000627609 992 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SMPDL3B-201ENST00000373888 1548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PHB-210ENST00000511832 1509 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SLC25A3-216ENST00000551917 1359 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 KCNK9-201ENST00000303015 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AURKB-201ENST00000316199 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 MAD2L2-206ENST00000376672 1002 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 C19orf70-203ENST00000587589 577 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TMEM205-210ENST00000588560 840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC023090.1-201ENST00000592906 502 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 NAV1-210ENST00000593583 726 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC009950.1-210ENST00000594622 553 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC026992.2-202ENST00000565312 1934 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PDIA4-201ENST00000286091 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CTSV-201ENST00000259470 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CD8A-201ENST00000283635 2873 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 BRD7P5-201ENST00000299197 1822 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 MAGEA2-209ENST00000623806 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CCNH-201ENST00000256897 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 LINC00963-203ENST00000423918 1654 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ETNPPL-206ENST00000510706 1692 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC023024.1-201ENST00000558838 2590 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 OR2V1-201ENST00000329365 948 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SLC37A4-201ENST00000330775 2102 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 JTB-202ENST00000356648 1040 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TRAPPC3-201ENST00000373159 590 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CFAP36-203ENST00000403007 759 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
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