Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 ZNF133-215ENST00000630056 1999 ntTSL 2 BASIC12.45□□□□□ -0.423e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 ZNF133-214ENST00000628216 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.543e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 ZNF133-207ENST00000425686 637 ntTSL 310.62□□□□□ -0.713e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 ZNF133-208ENST00000434018 523 ntTSL 39□□□□□ -0.973e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 ZNF133-213ENST00000626025 616 ntTSL 58.8□□□□□ -13e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 ZNF133-202ENST00000360010 481 ntTSL 57.02□□□□□ -1.293e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 TTC3-208ENST00000428693 999 ntTSL 510.41□□□□□ -0.742e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 GGCX-206ENST00000465637 563 ntTSL 412.53□□□□□ -0.41e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 GGCX-205ENST00000430215 2314 ntTSL 2 BASIC9.96□□□□□ -0.821e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 GGCX-201ENST00000233838 7569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.88□□□□□ -0.991e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 DDB2-212ENST00000617022 2181 ntTSL 216.26■□□□□ 0.192e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 DDB2-203ENST00000378601 1591 ntTSL 215.68■□□□□ 0.12e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 DDB2-201ENST00000256996 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.342e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 DDB2-211ENST00000616278 960 ntTSL 210.3□□□□□ -0.762e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 DDB2-202ENST00000378600 717 ntTSL 1 (best) BASIC10.3□□□□□ -0.762e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 DDB2-204ENST00000378603 1092 ntTSL 1 (best) BASIC10.3□□□□□ -0.762e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 DDB2-206ENST00000612309 3101 ntTSL 29.11□□□□□ -0.952e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 ACTG1-204ENST00000571721 813 ntTSL 516.05■□□□□ 0.165e-7■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 ACTG1-209ENST00000575659 742 ntTSL 314.29□□□□□ -0.125e-7■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 ACTG1-202ENST00000570382 471 ntTSL 411.65□□□□□ -0.545e-7■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 ACTG1-211ENST00000575994 856 ntTSL 311.4□□□□□ -0.585e-7■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 ACTG1-203ENST00000571691 761 ntTSL 310.84□□□□□ -0.675e-7■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.554e-7■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.972e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.282e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.232e-6■■□□□ 12.3
SF3A3Q12874 SLC43A1-207ENST00000533066 999 ntTSL 315.92■□□□□ 0.142e-16■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.662e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 ALDH4A1-206ENST00000538839 2957 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.142e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 ALDH4A1-205ENST00000538309 1940 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.122e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 ALDH4A1-202ENST00000375341 3363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.142e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 AL080251.1-201ENST00000494072 4369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12□□□□□ -0.492e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 HNRNPH1-249ENST00000524180 997 ntTSL 513.01□□□□□ -0.331e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 FNDC3B-212ENST00000494000 2600 ntTSL 1 (best)6.48□□□□□ -1.376e-15■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 MAP2K3-206ENST00000479129 574 ntTSL 316.32■□□□□ 0.28e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 MAP2K3-213ENST00000583508 607 ntTSL 515.07■□□□□ 08e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.691e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 RALGAPA1-203ENST00000389698 7864 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.371e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 RALGAPA1-201ENST00000307138 7911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.061e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 RALGAPA1-202ENST00000382366 6328 ntTSL 1 (best) BASIC6.54□□□□□ -1.361e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 AFMID-213ENST00000591538 487 ntTSL 314.87□□□□□ -0.031e-15■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 AFMID-215ENST00000592988 1605 ntTSL 210.28□□□□□ -0.761e-15■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 GRAMD1A-205ENST00000595596 881 ntTSL 217.31■□□□□ 0.365e-8■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.264e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.774e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 FGFR3-209ENST00000507588 336 ntTSL 1 (best)16.12■□□□□ 0.174e-19■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.462e-9■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.312e-9■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.212e-9■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 BAG6-260ENST00000465348 639 ntTSL 215.56■□□□□ 0.082e-14■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 HNRNPH1-238ENST00000521116 806 ntTSL 420.01■□□□□ 0.791e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 HNRNPH1-212ENST00000505087 592 ntTSL 314.97□□□□□ -0.011e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 HNRNPH1-225ENST00000515158 850 ntTSL 413.76□□□□□ -0.211e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 HNRNPH1-234ENST00000519707 582 ntTSL 212.12□□□□□ -0.471e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 HNRNPH1-233ENST00000519455 451 ntTSL 411.87□□□□□ -0.511e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 HNRNPH1-222ENST00000513972 761 ntTSL 211.58□□□□□ -0.561e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 AGRN-202ENST00000419249 861 ntTSL 316.59■□□□□ 0.255e-8■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 RPUSD4-206ENST00000532674 582 ntTSL 515.37■□□□□ 0.053e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 RPUSD4-201ENST00000298317 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.063e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 RPUSD4-208ENST00000533628 2053 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.513e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 RPUSD4-203ENST00000526942 1791 ntTSL 511.53□□□□□ -0.563e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 RPUSD4-205ENST00000530903 1404 ntTSL 29.66□□□□□ -0.863e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 RPUSD4-209ENST00000534393 579 ntTSL 47.66□□□□□ -1.183e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 RPUSD4-204ENST00000530036 566 ntTSL 35.22□□□□□ -1.573e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.091e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.851e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.751e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.651e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.61e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC15.65■□□□□ 0.11e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.061e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 EEF1D-224ENST00000529007 861 ntTSL 215.45■□□□□ 0.061e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.061e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 EEF1D-250ENST00000533833 831 ntTSL 515.21■□□□□ 0.031e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.051e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.331e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 EEF1D-218ENST00000526838 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.49□□□□□ -0.411e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 NEDD9-208ENST00000504387 3211 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC8.71□□□□□ -1.014e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 NEDD9-204ENST00000448183 4934 ntTSL 1 (best)8.6□□□□□ -1.034e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 NEDD9-216ENST00000620854 4086 ntTSL 5 BASIC7.79□□□□□ -1.164e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 NEDD9-202ENST00000379446 4536 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.06□□□□□ -1.284e-6■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 PRMT7-202ENST00000441236 2204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.133e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 PRMT7-203ENST00000449359 2091 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.023e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 PRMT7-201ENST00000339507 4238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.073e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 PRMT7-223ENST00000567542 3542 ntTSL 1 (best)14.41□□□□□ -0.13e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 PRMT7-225ENST00000568975 2996 ntTSL 212.2□□□□□ -0.463e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 ZNF384-214ENST00000542605 571 ntTSL 419.51■□□□□ 0.717e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 ZNF384-205ENST00000417772 1286 ntTSL 518.98■□□□□ 0.637e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 ZNF384-206ENST00000436774 1096 ntTSL 315.96■□□□□ 0.157e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 ZNF384-211ENST00000540915 1140 ntTSL 214.95□□□□□ -0.027e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 ZNF384-207ENST00000535485 912 ntTSL 314.5□□□□□ -0.097e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 ZNF384-208ENST00000537248 594 ntTSL 214.32□□□□□ -0.127e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 ZNF384-215ENST00000544482 557 ntTSL 410.73□□□□□ -0.697e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 ZNF384-212ENST00000542351 572 ntTSL 48.96□□□□□ -0.987e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 ZNF384-210ENST00000538829 506 ntTSL 47.16□□□□□ -1.267e-7■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.394e-20■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.184e-20■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.721e-12■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.251e-12■■□□□ 12.2
SF3A3Q12874 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.241e-12■■□□□ 12.2
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