Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 MARS-233ENST00000628866 2583 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 KLK11-201ENST00000319720 1198 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 RN7SKP230-201ENST00000365642 335 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 PHACTR1-202ENST00000379329 707 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 TPO-206ENST00000382269 1155 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 IGHV3-35-201ENST00000390617 366 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AC011510.1-201ENST00000598541 286 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 TMEM170A-207ENST00000569540 2331 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 FGF1-201ENST00000337706 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 DNAJB9-201ENST00000249356 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 HARS2-202ENST00000448069 1426 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 FAM153A-220ENST00000513554 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ZNF586-203ENST00000396154 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 PSMC3-209ENST00000530912 1390 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 SLC52A3-201ENST00000217254 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 KCNJ2-202ENST00000535240 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 WDR54-201ENST00000348227 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 MB-205ENST00000406324 582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 MORN2-204ENST00000409665 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AL645941.1-201ENST00000415875 338 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AC092614.1-201ENST00000419640 909 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AC099552.1-201ENST00000431083 744 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 POLR2F-208ENST00000470701 584 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AP003385.5-201ENST00000533876 555 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ANAPC15-208ENST00000538393 867 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 MAP1LC3B2-202ENST00000556529 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 C2orf69P2-201ENST00000562032 1123 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 SLC35G4-201ENST00000588001 1017 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AC138696.2-201ENST00000607376 223 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 Six3os1_5.1-201ENST00000611000 271 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 INHBA-203ENST00000442711 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 GPI-205ENST00000586425 1799 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 GPD2-208ENST00000438166 2457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 SRPRA-206ENST00000532259 2453 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 MYRIP-202ENST00000396217 4877 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AC004922.1-201ENST00000638617 2430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 INE2-201ENST00000630399 1874 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 RUNDC3B-202ENST00000338056 4099 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AC011840.2-201ENST00000563063 1520 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 FKBP4P6-201ENST00000457486 1332 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 SIGLEC11-202ENST00000426971 2479 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 NR1H3-203ENST00000405853 1480 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AC003102.2-201ENST00000589195 1469 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 DEGS1-201ENST00000323699 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 TK1-201ENST00000301634 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ANKRD30BP2-201ENST00000435744 1610 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ZMYND15-204ENST00000573751 2409 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ARHGAP9-201ENST00000393791 2597 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 CBY1-201ENST00000216029 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 SPDYE7P-201ENST00000355920 1064 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 SNX21-203ENST00000372541 771 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 C9orf16-201ENST00000372994 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 PRPS2-205ENST00000489404 763 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AP001790.1-201ENST00000511947 570 ntTSL 4 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 HNRNPA1P48-202ENST00000565308 961 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ACAP1-208ENST00000574499 412 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.8 ms