Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PHBP15-201ENST00000574228 665 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AC005962.1-201ENST00000584100 773 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AC022001.2-201ENST00000607849 580 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 MIR6769A-201ENST00000617340 73 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 LINC00470-210ENST00000584090 1334 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 MIR22HG-201ENST00000334146 1383 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AGER-201ENST00000375055 1369 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 MSR1-201ENST00000262101 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AC011840.2-201ENST00000563063 1520 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AC136759.1-201ENST00000534201 2163 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 HCLS1-202ENST00000428394 1560 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 TMEM51-204ENST00000428417 1942 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AL118508.1-202ENST00000411595 709 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AC004973.1-201ENST00000413240 635 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 TNNT2-214ENST00000458432 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 MYLK-AS1-202ENST00000470449 760 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AC108199.1-201ENST00000504249 508 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 APOC1P1-201ENST00000507983 630 ntTSL 4 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 ERICH5-202ENST00000545282 596 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 PRSS45-202ENST00000620911 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 CD27-201ENST00000266557 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 MYADM-202ENST00000391768 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 TAP2-202ENST00000374899 2497 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC16.58■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 RN7SKP230-201ENST00000365642 335 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RPS9-204ENST00000391753 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 CD300A-204ENST00000392625 1163 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 TP53I3-203ENST00000407482 747 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC092265.1-201ENST00000422638 498 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AL139008.1-201ENST00000437894 228 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 LYPLA2P1-203ENST00000447689 696 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC012507.1-201ENST00000454890 600 ntTSL 4 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 GFER-204ENST00000567719 483 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC009884.2-201ENST00000603110 324 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SMIM22-211ENST00000615889 1047 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC105137.3-201ENST00000617588 984 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 FHL2-206ENST00000408995 1367 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 LYRM1-203ENST00000412082 1399 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PEF1-201ENST00000373703 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC127383.1-201ENST00000444697 1800 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC020910.5-201ENST00000623668 1865 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 DRC3-216ENST00000584166 1953 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 DEPDC7-202ENST00000311388 2012 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 CHIA-204ENST00000369740 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 OSER1-201ENST00000255174 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SLC25A20-202ENST00000430379 1576 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms