Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 LINC00665-203ENST00000438368 1863 ntTSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 CRYBA4-201ENST00000354760 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 KRTAP20-4-201ENST00000382828 224 ntAPPRIS P1 BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC245369.1-201ENST00000390634 434 ntAPPRIS P1 BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC024681.1-201ENST00000521917 487 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC009779.1-201ENST00000551138 283 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 TCL1A-208ENST00000556450 872 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AL132642.1-201ENST00000557646 553 ntTSL 4 BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AL161670.2-201ENST00000557650 1227 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 CCDC144NL-AS1-209ENST00000577860 884 ntTSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MIR6720-201ENST00000611664 98 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 LINC01668-201ENST00000635001 513 ntTSL 4 BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MBD3L2B-202ENST00000637800 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC022532.1-201ENST00000624563 1728 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 PDP1-203ENST00000517764 2140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ID2-203ENST00000396290 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 PLA1A-205ENST00000494440 1775 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 BRMS1-201ENST00000359957 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 NOTO-201ENST00000398468 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 KRT8P19-201ENST00000551916 1455 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 SLC13A5-208ENST00000573648 1723 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 KNCN-202ENST00000396314 608 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 SLC16A6P1-201ENST00000413214 1059 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 LINC01352-201ENST00000431347 962 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AC012507.1-201ENST00000454890 600 ntTSL 4 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 CLDN11-207ENST00000486975 1139 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 FADS2-212ENST00000522639 360 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AL928654.3-201ENST00000552675 445 ntTSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 FADS2-215ENST00000574708 385 ntTSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AC009884.2-201ENST00000603110 324 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 TMBIM1-201ENST00000258412 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 CTSW-204ENST00000528419 1341 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 KLC1-207ENST00000445352 2416 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AC008132.1-202ENST00000342005 1389 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 CAPN3-207ENST00000397200 1643 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 MBLAC2-202ENST00000514906 1936 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 BORCS5-201ENST00000298571 549 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 SLC25A26-201ENST00000336733 1023 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 RPL35-201ENST00000348462 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 SSR4-203ENST00000370086 643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 THAP4-202ENST00000402136 785 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 DNAJC27-AS1-207ENST00000451291 488 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 UPF3AP2-201ENST00000457924 1132 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 CENPBD1P1-203ENST00000479047 569 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 HHIP-AS1-201ENST00000503066 897 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AC105362.1-201ENST00000511234 564 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 CPLX2-209ENST00000515094 576 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 SCARNA21-201ENST00000517026 139 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AL136088.1-202ENST00000525871 439 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AL135838.1-202ENST00000556411 441 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 C14orf132-204ENST00000556728 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
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