Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 RBM47-202ENST00000381793 4816 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TEX29-201ENST00000283547 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SH3BGR-201ENST00000333634 1251 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 RNU1-114P-201ENST00000365297 166 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PLA2G5-201ENST00000375108 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PEX13-202ENST00000401576 1108 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 MIR1202-201ENST00000408529 83 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AL445430.1-201ENST00000419796 699 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC006033.1-201ENST00000440505 426 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 GOLGA2P4-201ENST00000441462 777 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC018685.1-201ENST00000457813 368 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 HYAL3-206ENST00000513170 636 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 RNA5SP486-201ENST00000515961 83 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AP002748.3-205ENST00000525142 567 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AP002748.3-203ENST00000533502 581 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AP003096.1-203ENST00000564469 563 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CRISPLD2-210ENST00000569090 808 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 MIR4741-201ENST00000579822 90 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC084346.2-201ENST00000607097 949 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC093326.2-201ENST00000640770 729 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ACSL1-202ENST00000454703 3636 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ANXA8L1-208ENST00000622769 1861 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 MEIKIN-203ENST00000442687 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 EIF4G1-212ENST00000424196 5653 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AKNA-206ENST00000374088 5464 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CCNY-201ENST00000265375 4768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TMEM181-201ENST00000367090 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 WRAP53-210ENST00000534050 1736 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ANP32A-203ENST00000465139 2440 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 HIST1H2AH-201ENST00000377459 387 ntAPPRIS P1 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ACTBP8-201ENST00000403258 1108 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 KLF2P2-201ENST00000416807 1039 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SIRPB2-203ENST00000444444 884 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC114812.1-204ENST00000449669 728 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 BX322559.1-201ENST00000456613 319 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 NME2-207ENST00000514264 850 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ANAPC15-214ENST00000543587 883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 C2orf69P2-201ENST00000562032 1123 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC139099.3-201ENST00000572850 472 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 DMAC2-208ENST00000589970 979 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 DMAC2-215ENST00000597457 492 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TUBB3-206ENST00000554444 1978 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 MAPKBP1-215ENST00000514566 5394 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SGCZ-201ENST00000382080 2234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CCDC68-204ENST00000591504 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 DARS-AS1-209ENST00000594219 1420 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 RGS6-218ENST00000556437 1689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 GLI2-203ENST00000361492 6768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 P2RY1-201ENST00000305097 6747 ntAPPRIS P1 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 NLE1-202ENST00000442241 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 POM121-202ENST00000395270 7011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AATBC-201ENST00000400385 4598 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 PTPRU-201ENST00000345512 4470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 SYMPK-213ENST00000599460 5449 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 SYNPO2L-202ENST00000394810 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 TK2-221ENST00000620035 5060 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 UNC5B-202ENST00000373192 6451 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 CBY1-201ENST00000216029 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 CD79A-201ENST00000221972 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 CFLAR-203ENST00000341222 1283 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 RAB4B-201ENST00000357052 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 TCEAL1-203ENST00000372626 721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms