Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 LINC01694-201ENST00000424569 821 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MTX1P1-201ENST00000440904 838 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC006003.1-201ENST00000448541 613 ntTSL 4 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC004898.1-201ENST00000451057 766 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 HOMER2P2-201ENST00000451621 847 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 IGHJ2P-201ENST00000454480 60 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AKR7A2P1-201ENST00000460134 915 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CCDC153-204ENST00000503566 1295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 IRF3-223ENST00000599223 1055 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC243967.2-201ENST00000601409 567 ntTSL 4 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 THAP4-206ENST00000612200 969 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ARID1B-222ENST00000637003 1290 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 KIF21A-202ENST00000361961 6601 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MAPK14-204ENST00000468133 1376 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 C15orf61-201ENST00000342683 4253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 KLK5-202ENST00000391809 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SCRN1-205ENST00000425819 1552 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 DYSF-201ENST00000258104 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 DYSF-204ENST00000409582 6790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 DYSF-210ENST00000413539 6769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 OGFOD2-202ENST00000397389 2308 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ATP2A3-205ENST00000397041 4675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CCDC50-201ENST00000392455 8429 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PRSS50-201ENST00000460241 2960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AP002360.1-202ENST00000530460 2462 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ZSWIM8-221ENST00000604729 6075 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 C18orf25-206ENST00000619301 5264 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC022532.1-201ENST00000624563 1728 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 HEBP1-201ENST00000014930 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CD79A-201ENST00000221972 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 NEU2-201ENST00000233840 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CYB5R3-203ENST00000402438 1050 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CD8B2-202ENST00000417670 633 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 LRRC74B-201ENST00000442047 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AAMDC-206ENST00000526415 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ANAPC15-214ENST00000543587 883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 IGHV3OR16-9-202ENST00000558425 288 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC104982.3-201ENST00000581995 514 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RN7SL190P-201ENST00000582519 257 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC006453.4-201ENST00000636949 1252 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 OPA1-204ENST00000361828 6381 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 C14orf79-205ENST00000549240 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 GPAT2-204ENST00000453542 2466 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ITSN1-205ENST00000381291 5437 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PHF8-203ENST00000338946 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MPP6-201ENST00000222644 8452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 FBN1-205ENST00000560355 4109 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SQSTM1-213ENST00000510187 1714 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AFF4-201ENST00000265343 9552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 LINC00094-204ENST00000599836 1689 ntAPPRIS P5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RHOBTB2-206ENST00000522948 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 GLUD2-201ENST00000328078 2493 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MARCH4-201ENST00000273067 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SERPINF2-203ENST00000450523 1462 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC138028.6-201ENST00000616106 1482 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SPIN2A-201ENST00000374906 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 C14orf178-201ENST00000355883 642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 EMC3-AS1-202ENST00000366264 559 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 C9orf24-203ENST00000379126 496 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms