Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 MOGAT2-201ENST00000198801 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 MAGOH-202ENST00000371470 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 CD300A-204ENST00000392625 1163 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 CRYBB3-202ENST00000404334 601 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 LINC01433-201ENST00000419003 697 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AC254562.2-201ENST00000428786 667 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 BX276092.5-201ENST00000439926 886 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AC093484.1-201ENST00000441875 477 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AC068397.2-201ENST00000558742 341 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AL132780.4-201ENST00000624870 1135 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AMHR2-201ENST00000257863 1863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CUX1P39880 C11orf80-201ENST00000360962 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CUX1P39880 SPO11-203ENST00000371263 1834 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CUX1P39880 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CUX1P39880 MAGEA2-209ENST00000623806 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CUX1P39880 SLC25A45-214ENST00000534028 2432 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
CUX1P39880 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CUX1P39880 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CUX1P39880 HSPB7-203ENST00000406363 648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CUX1P39880 LINC01746-201ENST00000621390 449 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.57
CUX1P39880 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.57
CUX1P39880 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
CUX1P39880 CSF2RA-219ENST00000501036 1622 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
CUX1P39880 SLC25A20-202ENST00000430379 1576 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.57
CUX1P39880 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CUX1P39880 RAMP3-201ENST00000242249 1323 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CUX1P39880 MAD2L2-206ENST00000376672 1002 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CUX1P39880 HIST2H2BA-201ENST00000412169 381 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
CUX1P39880 MPC1L-201ENST00000423387 571 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CUX1P39880 NPLOC4-209ENST00000572760 946 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CUX1P39880 MIR5196-201ENST00000578146 115 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
CUX1P39880 TMEM220-AS1-207ENST00000584714 541 ntTSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CUX1P39880 PPP1R1B-202ENST00000394265 1419 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CUX1P39880 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CUX1P39880 FBXO5-202ENST00000367241 2221 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CUX1P39880 ALOX15B-204ENST00000572022 2396 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CUX1P39880 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CUX1P39880 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CUX1P39880 ELOVL1-201ENST00000372458 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CUX1P39880 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CUX1P39880 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AC211486.1-201ENST00000275590 980 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AL035414.1-201ENST00000451327 857 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AL512330.1-201ENST00000456701 349 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CUX1P39880 LRRC6-205ENST00000519595 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AC040162.4-201ENST00000574912 1185 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CUX1P39880 LINC01224-201ENST00000593573 798 ntTSL 4 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CUX1P39880 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CUX1P39880 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CUX1P39880 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CUX1P39880 NTF3-202ENST00000423158 1336 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CUX1P39880 MROH4P-201ENST00000431302 1578 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CUX1P39880 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CUX1P39880 SH3GLB2-205ENST00000416629 1415 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AC234644.1-201ENST00000406065 370 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 NPPC-202ENST00000409852 1051 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AC096649.1-201ENST00000449168 497 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 TCL1A-205ENST00000555202 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 SLC27A5-204ENST00000594786 643 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AC007326.1-201ENST00000604539 458 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 CELF4-223ENST00000603232 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 SERHL-201ENST00000359906 1346 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 TMEM177-202ENST00000401466 1346 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 PCBP1-AS1-214ENST00000419542 1309 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 RFK-201ENST00000376736 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 NOX5-209ENST00000530406 2289 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 RPS9-204ENST00000391753 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AL138731.1-201ENST00000452624 739 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 ATRAID-207ENST00000606999 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 AL121757.1-201ENST00000430097 1836 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 ZNF619-201ENST00000314686 2233 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 CHCHD7-202ENST00000355315 1535 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 GLT1D1-201ENST00000281703 2725 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 FERD3L-201ENST00000275461 640 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CUX1P39880 ATP6V1E1-202ENST00000399796 1208 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms