Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 CAP1-205ENST00000372802 2964 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 FOXP3-202ENST00000376199 2274 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 GMPR2-231ENST00000620807 1910 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 ZNF750-202ENST00000572562 1513 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 RALGPS1-203ENST00000373434 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 GALNT16-202ENST00000448469 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 SLC25A45-214ENST00000534028 2432 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 NOSIP-201ENST00000339093 1000 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 AL136309.1-201ENST00000403917 691 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 C9orf116-205ENST00000429260 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 ADAMTSL1-210ENST00000431052 824 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 CHMP1AP1-201ENST00000445563 662 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 APOPT1-207ENST00000477116 906 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 ARTN-209ENST00000479128 471 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 GDNF-AS1-201ENST00000503382 604 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 BTNL8-205ENST00000505126 1294 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 CCKBR-204ENST00000531712 463 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 IGHV3OR16-16-201ENST00000563644 343 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 AC021594.1-201ENST00000587174 636 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 PRCD-210ENST00000592014 462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 AC011495.3-201ENST00000596472 427 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 AC004466.1-201ENST00000599515 1080 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 KC6-205ENST00000599934 556 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 LINC00658-206ENST00000600157 901 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 FGFR1OP-201ENST00000349556 1484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 C8orf49-201ENST00000525043 1968 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 TRMT2B-201ENST00000372935 2921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 CALCOCO2-211ENST00000508679 1396 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 AC018735.1-201ENST00000437208 1502 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 DRC3-216ENST00000584166 1953 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 WDR54-201ENST00000348227 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 PTPA-218ENST00000435132 618 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 AC090502.1-202ENST00000515416 966 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 RNF41-210ENST00000552244 716 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 AC026495.1-203ENST00000557528 906 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 AC110285.3-201ENST00000574472 665 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 KLK11-210ENST00000600362 759 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 AC244452.3-201ENST00000636814 210 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 PRRC2B-210ENST00000638390 1084 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 GFAP-225ENST00000638281 2099 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 TPD52L2-203ENST00000348257 2237 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 UGGT2-204ENST00000397618 1547 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXC11O43248 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.5 ms