Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP3Q9Y6I4 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP3Q9Y6I4 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms