Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HIF3AQ9Y2N7 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
HIF3AQ9Y2N7 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.4 ms