Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY93

DDX56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX56Q9NY93 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
DDX56Q9NY93 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC23.95■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
DDX56Q9NY93 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.4 ms