Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC25.11■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
RPF1Q9H9Y2 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC25.07■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC25.03■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
RPF1Q9H9Y2 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC25■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.4 ms