Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC27.03■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
NUP88Q99567 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC27.01■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC26.99■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC26.96■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.91
NUP88Q99567 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC26.93■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
NUP88Q99567 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms