Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
TNFRSF4P43489 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
TNFRSF4P43489 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms