Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXD9P28356 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.3 ms