Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 CCDC154-202ENST00000409671 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 PCYOX1L-201ENST00000274569 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 BX284668.5-201ENST00000422124 406 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AL807761.2-201ENST00000422849 729 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 XBP1P1-201ENST00000436573 652 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 RPSAP15-201ENST00000448168 861 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 FTH1P22-201ENST00000456305 520 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 RN7SL81P-201ENST00000493781 261 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 REEP5-205ENST00000504247 480 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 SNCB-203ENST00000506696 552 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 MEF2C-AS2-201ENST00000510274 463 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 REEP5-207ENST00000513339 1139 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AC087392.5-201ENST00000612517 489 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AC092299.1-201ENST00000632679 757 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 C16orf45-209ENST00000566490 1854 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AC018629.1-201ENST00000623381 1736 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 HIST2H2BA-201ENST00000412169 381 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 BANF1P3-201ENST00000412556 261 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 LINC00441-201ENST00000433480 1143 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 LINC00431-201ENST00000440735 1189 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 IZUMO1R-202ENST00000440961 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 Metazoa_SRP.100-201ENST00000447610 282 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AL138731.1-201ENST00000452624 739 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 ALG1L6P-201ENST00000515248 758 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 MIR5196-201ENST00000578146 115 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AC005041.3-201ENST00000606287 649 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AC009560.1-201ENST00000620208 434 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AC027601.3-201ENST00000622907 509 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AC004706.3-207ENST00000634823 977 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 IL9RP3-201ENST00000442856 1674 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 KRT18P9-201ENST00000604826 1300 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 CEP128-201ENST00000216517 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 C8G-201ENST00000224181 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 RNA5SP359-201ENST00000364838 113 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AL157788.1-201ENST00000437838 229 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 ZAP70-202ENST00000451498 1085 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 KLHDC8A-203ENST00000460687 1022 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AL132709.1-203ENST00000555103 569 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 DCTPP1-202ENST00000565758 749 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 APBB3-205ENST00000412920 1455 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 LINC01229-201ENST00000561510 1494 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 KIAA0513-207ENST00000567328 1873 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 SNRPN-203ENST00000400097 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 TAGLN3-201ENST00000273368 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 Z69890.1-201ENST00000382990 339 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AC012442.2-201ENST00000414784 425 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 PSMA1-202ENST00000418988 1266 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 TSPY25P-201ENST00000429463 745 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 SNHG14-206ENST00000450809 677 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 LAMA4-209ENST00000453937 645 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 LINC01598-205ENST00000508763 719 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AC040162.4-201ENST00000574912 1185 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AC010754.1-201ENST00000582300 1061 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 BX088702.1-201ENST00000610784 235 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCAPERQ9BY12 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms