Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TNS2-201ENST00000314250 5010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ANK1-201ENST00000265709 6379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ADAMTS15-201ENST00000299164 5673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 APC2-201ENST00000233607 10151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MDP1-202ENST00000396833 582 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 RPL5P21-201ENST00000404620 815 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC007405.2-202ENST00000418106 540 ntTSL 4 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CSF2RBP1-201ENST00000447905 391 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ENPP7P5-201ENST00000541031 1031 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TMEM179-205ENST00000615704 636 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC006453.2-202ENST00000635968 827 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC009242.1-201ENST00000634300 2706 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CDH7-203ENST00000536984 3766 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MLKL-201ENST00000306247 1781 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TRNT1-201ENST00000251607 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SEC14L4-204ENST00000381982 1603 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AGTPBP1-208ENST00000628899 4222 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NF2-205ENST00000361452 5884 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 LRRK1-201ENST00000388948 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PCDHA3-202ENST00000532566 4594 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 WAC-203ENST00000354911 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PCDHB13-201ENST00000341948 5061 ntAPPRIS P1 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SLC35A1-202ENST00000369556 1720 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TBRG4-201ENST00000258770 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SAP130-201ENST00000259234 4140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ADPRHL1-202ENST00000375418 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 FZD5-201ENST00000295417 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NOS1AP-201ENST00000361897 4931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 GAS2L2-201ENST00000604063 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 APBA1-201ENST00000265381 6534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SNAP91-213ENST00000521485 4521 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 WIZ-207ENST00000599910 4609 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MEF2D-201ENST00000348159 5965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ZFPM2-201ENST00000407775 4700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC022400.6-201ENST00000603027 5818 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MIR137HG-202ENST00000424528 2639 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TRPM1-203ENST00000542188 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 UEVLD-201ENST00000300038 995 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PPP2R5D-206ENST00000472118 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.9 ms