Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ESD-202ENST00000378720 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 SERPINE3-201ENST00000400389 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC098934.1-204ENST00000430114 631 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC012360.1-201ENST00000433219 674 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AL008733.1-201ENST00000440516 469 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AL606489.1-201ENST00000443515 486 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 UBE3B-206ENST00000536398 1120 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC010531.4-203ENST00000561709 660 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ZSCAN10-205ENST00000572548 618 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC011472.1-201ENST00000588634 569 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 CLEC11A-202ENST00000599973 1026 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC245100.1-201ENST00000452996 1331 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 WDR45-224ENST00000485908 1301 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 CMKLR1-206ENST00000552995 1890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 GUCY1A2-202ENST00000347596 2532 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 METTL17-221ENST00000556670 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 MAGEA9-201ENST00000243314 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 RBM38-204ENST00000371219 760 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC026434.2-201ENST00000506094 1078 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC093330.1-206ENST00000582546 812 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 FAM104A-206ENST00000583024 417 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 TMEM220-AS1-207ENST00000584714 541 ntTSL 4 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 FAM236A-201ENST00000593662 453 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 FAM236B-201ENST00000596535 465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC018755.3-203ENST00000597710 411 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 AC127024.7-201ENST00000625101 200 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 FAM90A2P-201ENST00000511144 1395 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 FAM90A25P-201ENST00000528404 1395 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL6A1P12109 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC16.71■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 FAM151A-202ENST00000371304 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 DLX4-202ENST00000411890 1404 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 PRKCSH-217ENST00000592741 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 PMPCB-201ENST00000249269 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 CKMT1B-201ENST00000300283 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 CKMT1A-204ENST00000434505 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AC010547.4-201ENST00000561754 1378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 SPACA3-201ENST00000269053 817 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 ETV2-201ENST00000379023 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 TMEM210-201ENST00000413619 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 LINC01388-201ENST00000416242 416 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AL356056.1-201ENST00000437899 369 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 KLF2P1-201ENST00000447438 1042 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 BUD31-205ENST00000456893 512 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 PPOX-204ENST00000462866 473 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 FXYD2-205ENST00000528014 672 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AF111169.4-201ENST00000556368 749 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 TMEM231-206ENST00000565067 1078 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AC006435.2-201ENST00000574290 846 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 UPF3AP2-202ENST00000578315 730 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 SPACA3-205ENST00000580599 949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 SLC12A8-207ENST00000469902 2989 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 CDPF1-203ENST00000404583 1439 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.8 ms