Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 NFATC1-207ENST00000545796 3558 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 BGLAP-201ENST00000368272 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 COPS7B-205ENST00000409295 1009 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 RN7SL81P-201ENST00000493781 261 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 MRPS36-204ENST00000512880 1200 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 MT1H-202ENST00000569155 697 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 MRPS36-205ENST00000602380 1200 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 EAF1-AS1-208ENST00000608408 770 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 SIGLEC6-202ENST00000346477 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 CYTH1-201ENST00000361101 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 CYTH1-202ENST00000446868 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 SPATA8-201ENST00000328504 1083 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 HCG9-201ENST00000376800 663 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 DIO1-203ENST00000388876 606 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 DIO1-204ENST00000524406 626 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 DIO1-213ENST00000532493 406 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 TPM1-220ENST00000559556 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AC009145.4-201ENST00000625119 1294 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AC007381.1-201ENST00000457668 2005 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 GFAP-225ENST00000638281 2099 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 APOPT1-209ENST00000492189 513 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 NAPSB-201ENST00000525179 678 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 TMEM126A-203ENST00000528105 656 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 MAFTRR-203ENST00000567993 685 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 DBP-202ENST00000593500 712 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AC005759.1-202ENST00000599416 415 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 ZNF350-AS1-202ENST00000600253 577 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AC140113.1-201ENST00000603467 169 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 MIR6720-201ENST00000611664 98 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AL672207.1-201ENST00000328462 1570 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 JMJD4-206ENST00000615711 2591 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 SVOPL-201ENST00000288513 1413 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 KCTD6-202ENST00000404589 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 CRHR1-205ENST00000352855 1146 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 TRBJ2-6-201ENST00000390418 53 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AC093826.1-201ENST00000508655 993 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 FXYD6-FXYD2-201ENST00000532984 670 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 PIGT-208ENST00000545755 1158 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AC007952.4-201ENST00000573866 637 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 ILDR1-202ENST00000344209 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 CCDC51-206ENST00000447018 1461 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 S100A3-202ENST00000368713 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 Z69890.1-201ENST00000382990 339 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 LAMA4-209ENST00000453937 645 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AC040162.4-201ENST00000574912 1185 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 NRN1L-202ENST00000576147 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AC055811.3-201ENST00000584952 686 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 BX005266.2-201ENST00000450704 1549 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AP000552.1-203ENST00000416615 1930 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 HIST1H2AE-201ENST00000303910 509 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 C7orf61-201ENST00000332375 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 PPA2-204ENST00000354147 667 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 CDKN2C-202ENST00000371761 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AL137058.1-201ENST00000418237 673 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 PPA2-205ENST00000432483 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 OR2R1P-201ENST00000441404 914 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AC105390.1-201ENST00000511330 560 ntTSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 AL627230.2-201ENST00000613254 655 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CHD9Q3L8U1 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
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