Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 LHFPL3-201ENST00000401970 1378 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 PPP2R5C-204ENST00000422945 4481 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 MRPS12-201ENST00000308018 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 NPPA-201ENST00000376476 728 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 NME2-204ENST00000503064 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 PGRMC2-206ENST00000512483 1144 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 ANO1-AS1-201ENST00000524987 646 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AP000346.4-201ENST00000614827 381 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 LDHAL6B-201ENST00000307144 1693 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 CSGALNACT1-211ENST00000522854 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 THOC6-207ENST00000574549 1300 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 C11orf52-201ENST00000278601 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 ANK1-203ENST00000314214 1185 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 TPRKB-202ENST00000318190 819 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AK6-201ENST00000380818 1183 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 PSMB5-203ENST00000425762 900 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 KLF2P1-201ENST00000447438 1042 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 KLK11-204ENST00000453757 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AC005920.3-202ENST00000512717 789 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 IQSEC3P1-201ENST00000538799 536 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AC073573.1-201ENST00000550908 481 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AQP8-202ENST00000566125 1276 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 DUX4L46-201ENST00000566845 751 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 NAT9-222ENST00000583476 583 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 PYY-202ENST00000592796 580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 NEAT1-203ENST00000601801 487 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 IGHV1OR21-1-201ENST00000622028 353 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 LRWD1-209ENST00000626402 138 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 TUBA3D-201ENST00000321253 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
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TCOF1Q13428 NR1H3-203ENST00000405853 1480 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 LYRM1-203ENST00000412082 1399 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 DLG1-AS1-202ENST00000430666 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 CXorf40B-202ENST00000370404 1316 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 NUDT1-201ENST00000339737 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 NUDT1-202ENST00000343985 771 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AC069218.1-201ENST00000435269 762 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AL139246.4-201ENST00000442305 514 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
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TCOF1Q13428 AL355310.3-201ENST00000526411 582 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 MSRB3-209ENST00000540804 884 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 SELENOW-204ENST00000595615 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
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TCOF1Q13428 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
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TCOF1Q13428 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
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TCOF1Q13428 GINS3-203ENST00000426538 1728 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 SLC13A5-208ENST00000573648 1723 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AC244394.1-201ENST00000435000 1665 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 COLEC11-201ENST00000236693 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 DNASE1L2-204ENST00000567494 1301 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 MAPT-213ENST00000571987 2277 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 CRLF2-201ENST00000381566 1545 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 THOC6-201ENST00000253952 1246 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AL645933.1-201ENST00000440087 609 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AC005586.1-201ENST00000488310 577 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 C14orf132-202ENST00000553782 536 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AL160314.3-201ENST00000556041 767 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 SEPT12-201ENST00000268231 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 KAAG1-201ENST00000274766 1382 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
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