Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PCDHGB8P-201ENST00000502926 1973 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 LMAN1-201ENST00000251047 5521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 C3orf62-201ENST00000343010 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC117489.1-201ENST00000625169 3217 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SLC22A7-202ENST00000372585 2555 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC073592.8-201ENST00000624126 511 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 DMTN-205ENST00000432128 2508 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 NAA60-229ENST00000575076 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CASR-202ENST00000498619 5009 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SLC44A2-201ENST00000335757 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SLC16A3-211ENST00000581287 4830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PSMG3-AS1-201ENST00000437621 5701 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 NMUR1-201ENST00000305141 3298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 GAS2L2-203ENST00000618498 2655 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ZC3HAV1-204ENST00000471652 3182 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 HTR7-202ENST00000336152 3126 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ST3GAL3-208ENST00000361392 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PTPN21-201ENST00000328736 6089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SPATA20-201ENST00000006658 2719 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PATZ1-204ENST00000405309 3711 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SLC26A11-202ENST00000411502 2872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 HGNC:18790-202ENST00000421177 4172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 INPPL1-207ENST00000538751 4656 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 C17orf80-203ENST00000359042 3645 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 HOXC12-201ENST00000243103 3335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AL138828.2-201ENST00000615812 383 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CUL3-202ENST00000344951 6592 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PML-208ENST00000436891 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AC068946.1-202ENST00000318673 2745 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SRPRA-206ENST00000532259 2453 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TNFSF13-201ENST00000338784 1971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ZFHX2-205ENST00000615307 1972 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 HSPB7-202ENST00000375718 2415 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 FOXRED2-204ENST00000397224 4967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TMCC2-202ENST00000330675 2780 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SLC13A5-203ENST00000433363 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PER2-201ENST00000254657 6385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 IL9R-202ENST00000369423 2032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ZHX1-201ENST00000297857 5200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TRIM67-202ENST00000444294 9320 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 FUCA2-201ENST00000002165 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 HIST3H2BA-201ENST00000436555 524 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 LINC01184-204ENST00000501702 2977 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 ERN2-202ENST00000457008 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIG1P18858 PRODH2-201ENST00000301175 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.4 ms