Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 UMODL1-203ENST00000400424 5516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ZNF777-201ENST00000247930 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SNPH-203ENST00000614659 5354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ZFP90-209ENST00000570495 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 HNRNPU-201ENST00000283179 3120 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AMOTL2-201ENST00000249883 4488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CGN-201ENST00000271636 5091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 LINC00937-207ENST00000544461 3033 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TGM6-201ENST00000202625 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CIC-207ENST00000575354 5473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 DBF4-201ENST00000265728 3907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 MCL1-202ENST00000369026 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SESN1-202ENST00000356644 2676 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AKAP2-203ENST00000434623 4400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FAM84B-201ENST00000304916 5404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PIK3CG-201ENST00000359195 5377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 MCM7-202ENST00000343023 1968 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CFAP53-201ENST00000398545 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RRP1B-201ENST00000340648 5090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AQP1-201ENST00000311813 2913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CCNL1-202ENST00000295926 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GNAO1-202ENST00000262494 5767 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ST6GAL2-204ENST00000409382 7275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AL009178.2-201ENST00000597278 2719 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ZSCAN32-205ENST00000439568 1746 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 C6orf120-201ENST00000332290 2667 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 DRC7-201ENST00000336825 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 MLPH-204ENST00000410032 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SETD1B-203ENST00000604567 5969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 APC2-201ENST00000233607 10151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 NCKAP5L-201ENST00000335999 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 JPH1-201ENST00000342232 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TBC1D1-201ENST00000261439 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RPS23-201ENST00000296674 3437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PTPN5-204ENST00000396170 3871 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CDPF1-204ENST00000404744 1541 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 KNSTRN-202ENST00000416151 1899 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GRAP-201ENST00000284154 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 COCH-203ENST00000460581 2688 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TLL1-201ENST00000061240 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CYB561A3-203ENST00000447532 1803 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 STEAP2-202ENST00000394621 7033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ASPG-206ENST00000551177 4851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CACNA2D3-202ENST00000415676 3661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GPKOW-201ENST00000156109 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GPD2-208ENST00000438166 2457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PTBP1-203ENST00000356948 3598 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AL390755.1-201ENST00000623716 2027 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.4 ms