Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 RCHY1-202ENST00000380840 1735 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ACTA1-202ENST00000366684 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 CELA3B-201ENST00000337107 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 MRPL55-214ENST00000366741 603 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 MRPL55-218ENST00000366747 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPA1P41-201ENST00000397777 928 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ISCA2P1-201ENST00000425548 448 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 TUBB8P8-201ENST00000458717 1058 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 EEF1D-218ENST00000526838 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 AL136295.7-201ENST00000619226 1200 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 PRSS30P-206ENST00000641773 873 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 PLAG1-203ENST00000429357 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 KIAA0368-201ENST00000259335 7391 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 GPBAR1-203ENST00000521462 1465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 RHD-203ENST00000357542 1387 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 RCAN3-202ENST00000374395 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ARV1-201ENST00000310256 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 OR1J1-201ENST00000259357 969 ntAPPRIS P1 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 VCX3B-201ENST00000381029 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 FKBP2-203ENST00000449942 613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 AC079112.1-201ENST00000454972 939 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 FBXO24-204ENST00000465843 957 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 PRSS30P-205ENST00000506153 699 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 CTBP2P4-201ENST00000513884 920 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 TVP23C-205ENST00000518321 1080 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 MPZL3-203ENST00000525386 973 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 CDIP1-202ENST00000562334 1205 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 AC009041.1-201ENST00000565401 544 ntTSL 4 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 CRHR1-208ENST00000577353 1206 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 TMEM220-AS1-207ENST00000584714 541 ntTSL 4 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 PYY-202ENST00000592796 580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 IRF3-215ENST00000596822 823 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 AC011462.2-201ENST00000598887 344 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 TLDC2-203ENST00000602922 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 LINC01517-203ENST00000616194 908 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 SLC38A5-213ENST00000620913 1993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 FAM32A-201ENST00000263384 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 MUTYH-209ENST00000448481 1706 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 AC090515.2-201ENST00000500929 1396 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 IGHA2-202ENST00000497872 1320 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 WASH3P-204ENST00000558784 1644 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 OR9I1-201ENST00000302610 945 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC4-201ENST00000335965 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 ALG1L-201ENST00000340333 805 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 VEGFB-202ENST00000426086 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 C9orf116-205ENST00000429260 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC9Q9Y3X0 AC138230.1-201ENST00000525893 664 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms