Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 TPM1-202ENST00000288398 1295 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 CELA2B-201ENST00000375910 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 TLE1P1-201ENST00000422965 589 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 OSMR-AS1-202ENST00000512519 837 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 CRTC3-AS1-202ENST00000559531 657 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 GMFG-209ENST00000600322 622 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AC004706.3-207ENST00000634823 977 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 INHBA-203ENST00000442711 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AC018629.1-201ENST00000623381 1736 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CUX1P39880 SPACA3-201ENST00000269053 817 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 NCR3-202ENST00000376071 541 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AL512430.1-201ENST00000392575 860 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AL627231.1-201ENST00000394467 1125 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AL356756.1-201ENST00000550941 551 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 C14orf132-204ENST00000556728 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 SPACA3-205ENST00000580599 949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 FRMPD2B-201ENST00000431305 1347 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 ZNF581-203ENST00000587252 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 MIR4435-2HG-204ENST00000419736 777 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AP002803.1-201ENST00000528836 498 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUX1P39880 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 CRB3-201ENST00000308243 631 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 TMEM219-202ENST00000414689 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 RPL37A-203ENST00000427280 698 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 LINC00466-203ENST00000436475 1059 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 RPL37A-206ENST00000456586 401 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AC092535.3-201ENST00000504969 468 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 CCNC-217ENST00000523985 958 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 SYBU-219ENST00000528647 2995 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AC131206.1-201ENST00000538078 1211 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 TMEM219-204ENST00000566848 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AC005696.1-201ENST00000572876 443 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 RPL37A-211ENST00000598925 775 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUX1P39880 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 PLK2-215ENST00000617412 2792 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AC144522.1-201ENST00000625111 1658 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AL024498.2-201ENST00000480294 1589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 ESD-202ENST00000378720 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 KRTAP2-4-201ENST00000394015 764 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 SKA2-202ENST00000437036 625 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 POU5F1P2-201ENST00000521750 823 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AC025154.2-201ENST00000550530 445 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 MIR4522-201ENST00000584932 87 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AC023090.2-201ENST00000625182 2110 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUX1P39880 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CUX1P39880 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CUX1P39880 SVOPL-201ENST00000288513 1413 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CUX1P39880 ASCC2-201ENST00000307790 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CUX1P39880 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CUX1P39880 PPDPF-202ENST00000370179 868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CUX1P39880 PRTFDC1-202ENST00000376376 741 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AP000356.3-201ENST00000382243 753 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CUX1P39880 TREML1-202ENST00000426005 981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CUX1P39880 UBXN7-AS1-201ENST00000442941 386 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CUX1P39880 LTBR-209ENST00000541102 1084 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CUX1P39880 LDLRAD4-208ENST00000586765 844 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CUX1P39880 C15orf59-AS1-202ENST00000615095 1224 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CUX1P39880 AC025262.2-201ENST00000623975 1056 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CUX1P39880 CCDC197-205ENST00000636493 1279 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CUX1P39880 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CUX1P39880 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.7 ms