Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 RN7SL769P-201ENST00000469386 295 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AC021723.1-201ENST00000486306 515 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 CATSPERZ-203ENST00000539943 917 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 RDH5-204ENST00000548082 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 TBC1D16-203ENST00000570373 961 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 KIF22-208ENST00000569382 2020 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 CRISPLD2-203ENST00000564567 1651 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 IGHA2-202ENST00000497872 1320 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 RCHY1-202ENST00000380840 1735 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 NPNT-201ENST00000305572 3003 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 ACOT7-203ENST00000377845 1432 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 MRPS12-201ENST00000308018 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 MBD3L5-201ENST00000329753 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 SF3B5-201ENST00000367569 693 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 NPPA-201ENST00000376476 728 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 MIR769-201ENST00000390225 118 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 MAATS1-203ENST00000463700 939 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 EID1-202ENST00000560490 584 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AC013355.1-201ENST00000562625 723 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 CCDC144NL-AS1-209ENST00000577860 884 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AC002472.3-201ENST00000640124 621 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 MBTD1-201ENST00000376381 1420 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 ANXA6-202ENST00000377751 1430 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AC011840.2-201ENST00000563063 1520 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 HAUS2-208ENST00000568876 1702 ntTSL 4 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 FOXH1-201ENST00000377317 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 TPRKB-202ENST00000318190 819 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 RN7SKP230-201ENST00000365642 335 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 C1orf53-201ENST00000367393 588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 ACTG1P2-201ENST00000415776 1125 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 ACTG1P11-201ENST00000425411 1125 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AC005586.1-201ENST00000488310 577 ntTSL 4 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 EIF3M-203ENST00000524896 1207 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 RN7SL190P-201ENST00000582519 257 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AC005324.6-201ENST00000587972 613 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AL136301.1-201ENST00000615830 422 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 PLEKHB1-202ENST00000354190 2380 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 ACTA1-202ENST00000366684 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 TUBA3D-201ENST00000321253 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 CELF2-206ENST00000608830 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 B4GALT3-201ENST00000319769 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 POLR1D-212ENST00000630983 1931 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 SLC38A5-213ENST00000620913 1993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AC091046.1-201ENST00000331871 207 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 CSH2-203ENST00000392886 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 OARD1-204ENST00000464633 717 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 Z84485.1-202ENST00000499560 1230 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 LEF1-AS1-204ENST00000508266 559 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 CSH2-206ENST00000560142 749 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 COG4-212ENST00000564653 590 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 RN7SL574P-201ENST00000581512 297 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 MFSD11-218ENST00000591864 446 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
HOXC9P31274 AC026740.1-201ENST00000607068 791 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.1 ms