Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 PPCDC-205ENST00000563393 1149 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 PPCDC-208ENST00000567336 892 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC009560.1-201ENST00000620208 434 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 MLLT10-216ENST00000621220 381 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC002472.3-201ENST00000640124 621 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 KCTD1-207ENST00000580059 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 PAK1IP1-201ENST00000379568 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 C16orf45-209ENST00000566490 1854 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AQP7P5-201ENST00000428759 1049 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AQP7P4-201ENST00000447083 1042 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AQP7P2-201ENST00000453967 1041 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC107464.3-201ENST00000609172 737 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AQP7P3-201ENST00000624547 1041 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 RAMP3-201ENST00000242249 1323 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CEP128-201ENST00000216517 1606 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 TMPRSS4-211ENST00000522307 1634 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 HCG18-233ENST00000412685 2552 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 TBC1D30-203ENST00000539867 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 KCTD11-201ENST00000333751 2783 ntAPPRIS P1 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 EDNRB-204ENST00000626030 1571 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 PIGL-201ENST00000225609 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AL118508.1-202ENST00000411595 709 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 PTGES3-203ENST00000436399 941 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 THY1-209ENST00000580275 578 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 NCR1-206ENST00000598576 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CDH16-207ENST00000568632 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 RELL1-201ENST00000314117 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LINC01056-201ENST00000455711 1234 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 HNRNPA1P36-201ENST00000521313 955 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 MRNIP-220ENST00000523084 1096 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CCNC-217ENST00000523985 958 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 ILF3-AS1-201ENST00000591501 1983 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC069224.1-201ENST00000566372 1715 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 SERPINB9P1-202ENST00000545177 1375 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 HCG27-204ENST00000424675 895 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 EMP1-203ENST00000431267 1039 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LYPLAL1-AS1-201ENST00000441331 724 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 ERICH5-202ENST00000545282 596 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC051619.5-201ENST00000559003 736 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LINC01229-201ENST00000561510 1494 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CCND3-201ENST00000372987 2233 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AL583805.1-201ENST00000391389 531 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 NACA-202ENST00000393891 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AP000696.1-201ENST00000457669 1133 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC234782.2-201ENST00000614615 1240 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 ALKBH2-208ENST00000619381 895 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 MTHFR-217ENST00000641820 1569 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 FKBP6-204ENST00000431982 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 ESRRB-207ENST00000556177 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LINC02380-201ENST00000510956 1038 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 ZNF879-202ENST00000519896 543 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 TMBIM4-208ENST00000542724 770 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 KRT16P3-202ENST00000580113 1012 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 KRT16P1-203ENST00000581027 1012 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC012073.1-201ENST00000606114 1108 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 ELMO3-203ENST00000477898 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 PRKCSH-205ENST00000587327 2189 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CYP4F23P-201ENST00000593402 1579 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 OBSCN-AS1-201ENST00000295012 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
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