Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 MRPS17-201ENST00000285298 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF365-205ENST00000395254 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 PVR-203ENST00000403059 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 MEX3A-202ENST00000532414 6124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 RNF135-202ENST00000328381 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 TOMM70-201ENST00000284320 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 RPH3AL-201ENST00000323434 2809 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 GRAMD2B-201ENST00000285689 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 BMP7-201ENST00000395863 4013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 FAM160A2-203ENST00000524416 3327 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC22-201ENST00000376227 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL19-202ENST00000380310 3796 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 SEC24D-202ENST00000419654 2786 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF557-201ENST00000252840 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 MGMT-201ENST00000306010 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AIFM2-204ENST00000613322 3247 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 RNFT2-203ENST00000392549 2896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM179-205ENST00000615704 636 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AGAP4-208ENST00000618171 2387 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 HTR3A-202ENST00000355556 2331 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AIFM2-202ENST00000373248 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 SLC16A3-211ENST00000581287 4830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 FAM149A-202ENST00000356371 2997 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 DNAH14-204ENST00000366849 2215 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 WDR25-204ENST00000554175 2055 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 BMP1-203ENST00000354870 3989 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 E2F6-202ENST00000381525 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 TIGD4-201ENST00000304337 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 CICP14-201ENST00000629111 2732 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 CRYBG2-210ENST00000527815 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH1B1-201ENST00000377698 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMCH1Q9UPQ0 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 ERG28-201ENST00000256319 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 BHMG1-201ENST00000457052 2749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 WFIKKN2-202ENST00000426127 2193 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 NBPF9-207ENST00000615421 5835 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 OTUD7A-201ENST00000307050 10770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms