Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 LBHD1-201ENST00000354588 1320 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC134312.5-201ENST00000568031 1313 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MFN2-203ENST00000444836 4531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 EXOC6B-202ENST00000410104 5795 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 XAF1-201ENST00000346752 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SPRED1-201ENST00000299084 7780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PDE4A-203ENST00000380702 4781 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TTC28-AS1-207ENST00000428584 5859 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 C2orf54-202ENST00000388934 1911 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 NFATC1-207ENST00000545796 3558 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 UEVLD-201ENST00000300038 995 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CDKN1A-202ENST00000373711 793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MS4A13-201ENST00000378185 808 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC092933.1-201ENST00000393644 945 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SPEG-202ENST00000396686 1086 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC007405.2-202ENST00000418106 540 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AL356489.1-201ENST00000449144 1144 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AP000552.1-208ENST00000452952 576 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 FO681548.1-201ENST00000455617 1132 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 OSGIN2-203ENST00000520659 801 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 FAM8A2P-201ENST00000528813 1142 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC000032.1-201ENST00000562538 491 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SNAI3-AS1-206ENST00000569786 588 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 GNAO1-202ENST00000262494 5767 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MLLT6-211ENST00000621332 7578 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 LOH12CR2-201ENST00000381800 1540 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 C2orf50-201ENST00000381585 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ABCA7-203ENST00000435683 6211 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MEGF11-204ENST00000422354 5914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PRM2-201ENST00000241808 680 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ATP5J-205ENST00000400094 589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PRM2-202ENST00000435245 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC012441.1-201ENST00000446669 685 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 FTH1P14-201ENST00000482930 551 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC115284.1-201ENST00000488257 547 ntTSL 4 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 FAM104B-207ENST00000489298 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC106786.2-201ENST00000506859 561 ntTSL 4 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CEP57L1-208ENST00000519095 908 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC034102.5-201ENST00000548731 540 ntTSL 4 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AL118558.1-202ENST00000557242 451 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 GPX4-206ENST00000588919 803 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 KCNJ12-201ENST00000331718 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MARCH4-201ENST00000273067 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CAMSAP1-203ENST00000409386 5730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.4 ms