Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP28Q96RU2 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
USP28Q96RU2 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP28Q96RU2 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 238.8 ms