Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 LINC01136-203ENST00000457348 2539 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 HS6ST3-201ENST00000376705 7804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TNRC18P2-201ENST00000417666 2714 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PATZ1-203ENST00000351933 3638 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AKT1S1-205ENST00000391833 3640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RCAN1-212ENST00000492600 935 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AP001005.4-201ENST00000572530 387 ntTSL 3 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CACNA1G-205ENST00000360761 7497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TMED1-201ENST00000214869 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MUTYH-209ENST00000448481 1706 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SVIL-AS1-208ENST00000446807 1007 ntTSL 3 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TUBB6-203ENST00000586653 788 ntTSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 USP43-201ENST00000285199 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 DMTN-202ENST00000358242 2772 ntTSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC020907.1-201ENST00000616460 1350 ntBASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 DAAM2-211ENST00000633794 3871 ntTSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 KLHDC2-206ENST00000554589 1641 ntTSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AL133267.1-201ENST00000398220 340 ntBASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AL121601.1-201ENST00000426367 326 ntTSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC005833.2-201ENST00000527518 1249 ntTSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 C12orf57-206ENST00000544681 980 ntTSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 F2RL1-201ENST00000296677 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC13.37□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 GRB2-202ENST00000316804 3248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RGR-202ENST00000359452 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 NOTO-201ENST00000398468 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
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