Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC12.06□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC12.06□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC12.06□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.06□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.06□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 CBX7-201ENST00000216133 4081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 RCC2-202ENST00000375436 4087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.06□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 DLGAP1-220ENST00000581699 2258 ntTSL 2 BASIC12.06□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 CARNMT1-202ENST00000376834 4130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 NUDT4-201ENST00000337179 9753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 PHKG2-204ENST00000563588 5539 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 PHACTR1-202ENST00000379329 707 ntTSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 FAM221A-203ENST00000409653 761 ntTSL 5 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 RHCE-206ENST00000413854 1198 ntTSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 AC119751.2-201ENST00000504529 210 ntBASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 GNG2-209ENST00000555472 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 AP005482.1-201ENST00000563722 1273 ntBASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 AMZ1-201ENST00000312371 5516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 SMARCA2-214ENST00000450198 5602 ntTSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 RASD2-201ENST00000216127 3412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 KLC1-207ENST00000445352 2416 ntTSL 5 BASIC12.05□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 KLHDC2-206ENST00000554589 1641 ntTSL 5 BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 TGFBR2-201ENST00000295754 4621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 PTPN9-206ENST00000618819 7813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 HOXB-AS1-201ENST00000435312 806 ntTSL 5 BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 BNIP3P42-201ENST00000454982 569 ntBASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 AC104989.1-201ENST00000519711 778 ntBASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 BRF2-202ENST00000520601 1192 ntTSL 3 BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC12.04□□□□□ -0.48
HOXD3P31249 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC12.04□□□□□ -0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.7 ms